明朝歷史（1364—1683年）即中國明朝以及南明和明鄭時期的歷史，屬朝代專門史。從朱元璋建立西吳政權到明鄭台灣被清軍攻占，明朝前後延續319年。
元末天下大亂，朱元璋趁勢崛起，1364年，建立西吳政權，1368年，朱元璋在應天（南京）稱帝，國號大明。同年攻克大都推翻元朝。後採取一系列措施發展經濟，開創洪武之治。1421年，朱棣遷都北京，此間國力強盛，萬國來朝，史稱永樂盛世。明仁宗和明宣宗時期仍處於興盛時期，史稱仁宣之治。明英宗在位發生土木之變，是明朝由盛轉衰的轉折點。
明憲宗與明孝宗相繼與民休息，政局平穩。明武宗因死後無子使明孝宗一脈絕嗣，引發大禮議之爭。明世宗即位清除宦官和權臣勢力，總攬朝綱。明世宗駕崩後十數年，經歷隆慶新政和萬曆中興，國力得到恢復。明代社會經濟發達，農產品豐富，手工業生產具備很高水平，陶瓷業、絲棉紡業、冶煉、建築等聞名世界。16世紀隆慶、萬曆年間，資本主義生產關係開始在若干手工業行業中出現。
明神宗中期，完成萬曆三大征。然而因國本之爭，逐漸疏於朝政，同時東林黨爭也帶來政治混亂，史稱萬曆怠政。明熹宗時，魏忠賢禍亂朝綱，到明思宗即位後由於政策失誤和天災不斷，明朝最終亡於農民軍建立的大順。
1644年，明思宗自縊於北京煤山，明朝作為統一國家結束，隨後，滿清軍隊擊敗大順軍併入主中原。之後明朝宗室在南方重建大明，史稱南明，1662年永曆帝被殺，南明亡，1683年清軍占領台灣，明鄭時期結束。
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西吳時期
元末民變
元至正十二年（1352年）二月，郭子興、孫德崖等起義於濠州。出身貧苦的朱元璋也參加到隊伍中來。由於受到郭子興的器重，等郭子興死後，起義軍就由朱元璋領導。李善長見朱元璋的隊伍軍紀好，就前來投靠，留他在身邊，出謀劃策，向朱元璋出說了平定天下的方略。
建立西吳
消滅了陳友諒，南方群雄之中再也無人能和朱元璋爭鋒，早在朱元璋攻占南京以後，就把南京作為興業的根據地，在城內築應天府城，新建吳王宮殿，準備建國登基。元至正二十四年（1364年）正月，即吳王位，史稱西吳王，西吳政權，與位於平江的東吳王張士誠相區別。至此正式明確了朱元璋與諸將的君臣關係，並逐步建立國家制度。朱元璋通過改制，創立了軍權歸於他直接控制的行中書省，而行樞密院無兵權的制度體系。還注重軍紀和司法，提出過“紀綱法度，為治之本”的主張。
接著朱元璋攻滅了張士誠，不久方國珍也不戰而降，這就奠定了朱元璋完成帝業的基礎。此後，他依靠江南雄厚的財力，倚仗訓練有素、紀律嚴明的強大軍隊，南征北伐，取得了節節勝利。
大明開國
元至正二十八年（1368）正月四日，朱元璋在應天（今南京）即皇帝位，定國號為“大明”，建元洪武，立馬氏為皇后，朱標為太子，以李善長、徐達為左、右丞相，設官分職，封賞文武百官，開始了明王朝三百年的統治。
開創大明王朝的朱元璋
開創大明王朝的朱元璋後又派徐達、常遇春率領大軍以“驅逐胡虜，恢復中華”為口號北伐殘元。從元至正二十七年（1367年）十月至明洪武二年（1369年）十二月，明軍與元軍在中原和西北廣大區域內進行的戰略決戰。洪武元年，北伐大軍一路勢如破竹，直逼大都城下。元順帝見大勢已去，由居庸關逃往上都開平（內蒙古多倫西北）。元大都的陷落，標誌著元朝統治的結束，但並不意味著明朝的統一。元王朝在各地的殘存力量和元末起義中建立起來的諸多割據政權，都在威脅著明朝的統治。為此，明太祖稱帝後，在進行改革和建設的同時，秣馬厲兵，南征北戰，經過20年之久，於1388年最終實現統一大業。
明初盛世
洪武之治
- 政治
明朝開國不久，明太祖大肆分封子嗣和開國文臣武將。明太祖先後分封25個兒子和1個從孫為王，其中一部分還授以兵權。同時，明太祖在奉天殿舉行儀式，大封功臣。封子為王駐守各地對明初統治的鞏固起到了很大的作用，但也為以後的“靖難之役”埋下了伏筆。
分封子嗣和功臣之後，明太祖於洪武八年（1375）十月，還在地方設定指揮使司。朱元璋下令，改行省都衛指揮使司為都指揮使司（簡稱都司），共改投13個都司和2個行都司，之後又有增補。都司隸屬大都督府，都司設都指揮使一人及都指揮同知、都指揮僉事等官，掌管一方的軍政，並負責本司的練兵、屯田、軍器、漕運、備御等事務。遇有戰事時，所有官兵都可被徵調出征，平日則可散歸各本部。
北伐殘元的徐達
北伐殘元的徐達為了監視不法勛貴，明太祖建立錦衣衛。洪武十五年（1382）四月，朱元璋廢除儀鸞司，改設錦衣衛，錦衣衛除掌管侍衛職權外，還有巡察緝捕和審理詔獄的權力。錦衣衛屬下的鎮撫司承辦由皇帝命令查辦的案件，他們用刑殘酷，洪武二十年（1387），明太祖下令焚毀錦衣衛刑具，所押囚犯轉交刑部審理；同時下令內外獄全部歸三法司審理，廢除了錦衣獄。
明太祖還打擊貪污和清理權臣，最著名的有明初四大案。即：“空印案”、戶部侍郎郭桓的貪污案，此兩案雖為懲貪杜弊而起，但株連甚多。影響最大的是丞相胡惟庸案和大將軍藍玉案（史稱“胡藍之獄”），共殺5萬餘人，內中公、侯近40人。經過這場大案一代開國功臣被誅戮殆盡。
- 軍事
- 經濟
洪武八年（1375）三月，明太祖下令印製“大明寶鈔”在民間通行。洪武初，市面上流通的貨幣多為鼓鑄的銅錢“洪武通寶”。然而，明朝初期極端缺乏銅料，銅質貨幣不能滿足市場需要。為此，明太祖借鑑元代實行的紙幣制度，印製“大明寶鈔”與銅錢並行，以紙幣為主，銅錢為輔。明朝寶鈔共分六等：一百文、二百文、三百文、四百文、五百文、一貫。
- 文化
⑴建立學校
洪武二年（1369）十月，明太祖下詔命令地方郡縣設立學校，並明確規定了府、州、縣學的規模和學生學習的內容。地方學校培養出來的學生，年資久的，可定期保送到京城國子監深造，也可參加科舉獲取功名。1375年，又設社學以教授民間子弟。京城的學校即為國子學（1382年改為國子監），是全國最高學府。其學生叫監生，多為官僚、地主的子弟，主修“四書”、“五經”及典章、律誥等，結業後可直接做官。
⑵制定科舉
洪武三年（1370）五月，因國家急需人才，明太祖頒發科舉詔令，於八月設科取士。明代科興考試分文武二科，考試分鄉試、會試和殿試。鄉試考中者稱舉人，京師會試考中者有資格參加殿試。三年一大考，殿試由皇帝親自把關，殿試及格被錄取的通稱進士。凡考中進士者，即可授官。文科考試內容主要局限於四書五經，考試文體通用八股文，虛內容而重形式，因而明代科舉制又稱八股取士。武科試士則以技勇為重，所考內容因時局要求而變化。六年一大考，考中頭名稱武狀元。
⑶設定僧錄、道錄二司
洪武十五年（1382），明太祖設定僧錄、道錄二司，在外府州縣設定僧綱、道紀等地方分支機構。所有僧、道官員都是挑選精通經典、戒行端潔者充任。寺觀僧、道人數，也由僧錄、道錄二司送交政府存冊。同時，政府賜給僧院、道觀大量田地及佃戶，以備僧道使用，並免除寺院所有田賦徭役。以後的明代諸帝多受朱元璋的影響，形成了明宮好佛道之風。
建文改制
從建文元年（1399）到宣德十年（1435）的30多年中，明代歷經建文、永樂、洪熙和宣德四朝，經過增建機構、完善制度、遷都北京、開發邊疆等一系列的重大措施，達到了空前的統一和強盛。但另一方面在號稱“宇內富庶”、“天下太平”的明代初年，已經在“富庶”、“太平”的背後，潛伏著危機。
明太祖死後，皇太孫朱允炆即帝位，以第二年（1399）為建文元年。為了推行自己的新政，建文帝首先對中樞權力機構進行了調整。隨後，又陸續推出了一系列改革措施，其主要內容有：省刑減獄；均江浙田賦；調整政府官僚機構。尤其是後者，建文帝在位期間始終沒有間斷過，調整涉及到官制的許多方面。建文改制雖僅進行了4年，但仍取得了顯著的成績，明朝史學家朱鷺稱之為“四載寬政解嚴霜”。
靖難之役
- 建文削藩
明成祖朱棣- 朱棣奪位
建文元年（1399）七月，當建文帝準備削奪燕王時，燕王朱棣就公開反叛。燕王聚集將士，誓師起兵，以“清君側”、“誅奸臣”為名，自稱“奉天靖難”。建文帝聞知朱棣在北平舉兵反叛，急命老將耿炳文為大將軍，帶領大軍30萬伐燕。從此揭開了長達四年之久的靖難之役的序幕。1402年，靖難之役以燕王勝利而告終。
永樂盛世
- 政治
1402年六月，燕軍入京，第二天，被建文帝削廢的諸王便率文武群臣向朱棣上表勸進。六月十七日，在編修楊榮的提示下，朱棣首先拜謁了明孝陵，而後諸王和文武百官備好法駕，奉上寶璽，迎立於道，高呼萬歲。朱棣升輦入宮，在奉天殿接受了以兵部尚書茹瑺為首的群臣朝賀，正式即帝位，改元永樂，是為明成祖。
⑴削藩與遷都
明成祖即位後宣布建文帝所改易的祖宗成法都要革除，又詔令將建文時更定的官制改回洪武舊制。明成祖又兩次大封靖難功臣。明成祖在恢復諸王爵祿後暗中開始“削藩”。將邊塞諸王遷回內地，減少諸王的撤護衛，同時收回諸王對將帥、衛所軍的節制指揮權；重申不許諸王擅役軍民吏士的禁令，不許過問地方事務；對犯有過失的諸王，先以書誡諭，繼而示以懲罰，最後或廢為庶人或加以懲治。這一“削藩”策略較建文帝穩蔽，步驟實施也更從容，收到了削藩效果又不致釀成禍亂。
永樂元年（1403）明成祖將北平改為北京，設北京行部諸衙門，將大寧都司徙至保定。
⑵創建內閣
明成祖登極後，決定起用一批資淺而幹練的文臣參預機務。命侍讀解縉、編修黃淮入直文淵閣，同議朝廷機密重務，又命侍讀胡廣，修撰楊榮、編修楊士奇、檢討金幼孜和胡儼同值文淵閣參預機務，與解、黃二人一起朝夕侍從左右，作為顧問，稱之為內閣。他們分掌文案，綜理制誥，內閣制度隨之創立。不過，這時的閣臣品秩遠在六部尚書之下，僅為五品，而且不設官屬，不轄諸司事務。經洪熙、宣德兩朝，內閣制度才趨完備。
⑶建立廠衛制度
- 軍事
⑴五征蒙古
蒙古人者雖被驅出中原，但明朝的北部安全仍受到極大威脅，自明初至永樂中葉曾發生過幾次激烈戰爭。
⑵南征安南
元末戰亂，安南趁機從中國版圖脫幅，洪武年間，朱元璋以戰爭方息，重在安撫，不願再起干戈，於是對稱兵拒命的南安置之不理，安南從此處於半獨立狀態。
- 文化
永樂元年（1403）七月，明成祖命翰林侍讀學士解縉等，參照《韻府群玉》、《回溪史韻》二書的例子，採集各書所載事物，按類編排，而統之以韻。解縉等奉命而行，於次年十一月編成進呈，明成祖賜名《文獻大成》。不久，朱棣認為所書事物多有遺漏，又命姚廣孝、劉季箎現解縉一起重新編輯，又特別命令王景、王達等五人為總裁，鄒輯等20人為副總裁，陳濟等為都總裁，徵調中外官及四方老宿文學之士為纂修，選善書的國子監及郡縣生員為繕寫，由光祿寺供飲食，共2169人，開館於文淵閣。同時，又派官員分行天下，搜求遺書，以備收錄。歷時五年修成，改名《永樂大典》，全書共22937卷，裝訂11095冊。它是中國歷史上規模最大的一部類書，也是迄今世界所公認的一部大型百科全書。
殘存的《永樂大典》
殘存的《永樂大典》- 外交
⑴鄭和下西洋
為了加強同海外各國的聯繫，明成祖派遣宦官鄭和出使西洋。1405年，鄭和第一次出使西洋。他率領27000多人，乘坐200多艘海船，地從劉家港出發。到1433年，鄭和前後出使西洋共七次，經歷了亞非30多個國家和地區，最遠到達非洲東海岸和紅海沿岸。這是世界航海史上的壯舉。鄭和船上滿載著金銀寶貨，銷路最好的是絲綢和青瓷碗盤。他們從各國換回珠寶、香料和藥材等特產。鄭和的遠航，促進了中國和亞非各國的經濟交流。
七下西洋的鄭和
七下西洋的鄭和⑵蘇祿國王來朝
蘇祿本是一個群島國，有東王、西王、峒王總理其事。永樂十五年（1417）八月，蘇祿國王各率其親屬及隨從頭目，組成340餘人的使團，漂洋過海，長途跋涉，帶著珍珠、寶石、玳瑁等物而來。這是蘇祿國對鄭和使團訪問蘇祿的回訪，也是繼渤泥、滿刺加國王之後，又一個海外國家首領親自率領使團來中國訪問。在京期間，三王受到最高規格的接待。東王在南歸途經德州時，不幸因病去世。明成祖命令按照王禮祭葬，在德州為東王建設了壯觀的陵墓。永樂十六年（1418）九月一日，明成祖親自為蘇祿東王墓碑撰寫碑文，對其表示深切的緬懷與悼念之情。
仁宣之治
- 仁宗即位
朱高熾是明成祖的嫡長子，因為他有足疾，行走不便，不善騎射，但為人寬厚仁慈。但明成祖卻不太喜歡他，他對次子朱高煦印象好，認為很像自己。永樂二年（1404）四月，朱棣正式宣布立朱高熾為太子，朱棣死後，太子朱高熾即位，改元洪熙，是為明仁宗。
明仁宗朱高熾
明仁宗朱高熾洪熙元年（1425），明仁宗更定科舉名額。洪武初年時，科舉取士是有定額的。但不久即取消了限制。明仁宗時，朝廷決定重新規定取士名額，閣臣楊士奇奏請分南北取士。洪熙元年（1425），明仁宗正式議定各省鄉試取士名額。凡通古博今，端重沉靜，年齡在25歲以上者可以應試。此規定尚未實行，明仁宗即駕崩。明宣宗登基後，詔頒天下，要求各省仍按此規定執行。
- 宣宗即位
明宣宗登基以後重用賢臣，執行與民休息的政策。有一次外出返京，看到農民正在耕田。他親自到田間同農民談話，接過農民手中的犁把推了幾下。他感慨地對隨從諸臣說道：“朕只推了三下犁，就覺得很累。老百姓一年到頭勞作不休，那辛苦就更可想而知了！”在修建明仁宗的陵墓獻陵時，遵照明仁宗的遺囑，力主儉樸，3個月就完成陵墓的工程。明宣宗以後幾代明朝皇帝的陵墓都修建得較為儉樸。直到明世宗在位時，才建設奢華的陵墓。
明宣宗有幾句名言。一句是“省事不如省官”。那是在批評一個巡撫時說的。那個巡撫要求在杭嘉湖地區增設一名專門管理糧政的布政使司官員。明宣宗認為，國家的賦稅有常額，不能養冗官，駁回了他的要求。還有一句是“安民為福”。那是在批評一個工部尚書時說的。那個工部尚書建議修建山西圓果寺的佛塔，好為國家求福。明宣宗認為，百姓安定就是國家的福氣，用不著借修佛塔來“求福”。
明宣宗朱瞻基
明宣宗朱瞻基河南有一個知縣，在當地發生災荒時，未經請示，就將驛站公糧上千石發放給災民。明宣宗對他加以表揚：“如果拘守手續，層層申報，那老百姓早就餓死了。”他還繼承了他父親願意接受意見的作風。他要求大學士楊溥盡力輔佐自己。楊溥叩首回答：“臣決不敢忘記報答陛下的恩情。”他囑咐楊溥：“直接指出我的過錯，就是對我的最好報答。”
- 朱高煦叛亂
朱高煦是明成祖的第二個兒子，“靖難”時立有戰功，多次營救明成祖於危難之中。但他恃功驕恣，兇悍不法，妄想篡奪太子之位。永樂二年（1404），朱高煦雖被封為漢王。後改封別地，朱高煦仍不肯前往，整日悶悶不樂，圖謀不軌。洪熙元年（1425）六月，他曾企圖伏擊明宣宗，結果失敗。
宣德元年（1426）朱高煦趁北京地震之機，在樂安（今山東廣饒東北）謀反，設立王軍府、千哨，分官授職，並勾結英國公張輔作內應。明宣宗在大學士楊榮的勸諫下御駕親征朱高煦。大軍到達樂安城北，送詔書給朱高煦。朱高煦無力抵抗，只得舉手投降，餘黨都被擒獲。明宣宗兵不血刃，大勝而還，改樂安為武定，將朱高煦軟禁在西安門內的逍遙樓。參與謀反的王斌、朱恆及天津、山東各地的反賊或被處死，或被發配邊關。
明朝中期
1435年明宣宗逝世，年僅九歲的朱祁鎮即位，是為明英宗。在此後的80多年中，明朝經歷了景帝、憲宗、孝宗、武宗等幾任帝王，社會經濟繼續發展，出現了“弘治中興”的繁榮局面；但英宗時期宦官王振擅權卻為明代以後的政治生活留下了陰影，從英宗至明滅亡，明政府多次出現宦官專政的事例。正統十四年（1449），明英宗受王振慫勈率兵親征也先之侵擾，被俘於土木堡，這一事件成為明朝由初期進入中期的轉折點。
土木之變
- 明英宗即位
宣德十年（1435）正月三日明宣宗逝世，大學士楊士奇、楊榮等擁朱祁鎮為帝，即為明英宗。這使仁宣時期政治較好的狀況在正統初年仍然得以延續，“海內富庶，朝野清晏”，“綱紀未弛”。這時，楊士奇、楊榮、楊溥等元老重臣仍在朝中發揮重大作用，他們尊明宣宗遺囑，協助太皇太后輔佐幼主，對穩定政局，保持“清明”局面，起到了積極的作用。
明英宗朱祁鎮
明英宗朱祁鎮明英宗即皇位時，太皇太后張氏（仁宗之後）將決斷權交給內閣，委託楊士奇、楊榮、楊溥三人同心輔政，共商臣民奏章。宦官王振多次私自做決定，干預朝政。正統二年（1437）正月末，太皇太后欲誅王振，由於明英宗及輔政五位大臣求情方免一死。此後，王振雖有收斂，但太皇太后及三楊死後，更加肆無忌憚，開了明朝宦官干政之先河。
- 英宗被俘
正統十四年（1449）七月，也先分東、西、中三路進攻中原，北疆告急。明英宗在王振慫恿下率兵親征。由於倉猝出兵，軍伍不整，糧餉不齊，軍卒情緒低落。八月一日抵達大同，也先佯敗，誘明軍深入。王振因前方敗報踵至，驚慌失措，揮軍急退。歸途中，王振為了炫耀鄉里，不聽大同總兵要明英宗速入紫荊關的建議，反邀明英宗至蔚州（河北蔚縣），以訪其家。十四日停駐在土木堡，被也先部隊合圍。明軍無水可飲，陷入困境，也先誘使明軍移營出城，瓦剌軍趁機四面圍攻。明軍倉猝間人馬蹈藉，死者無數。明英宗突圍不出，被俘。
北京保衛戰
組織北京保衛戰的于謙正統十四年（1449）十月六日，也先挾持明英宗入犯北京，京城告急，北京保衛戰開始。明代宗詔命各地諸王率兵入京，又命于謙全權負責守戰之事。兵部侍郎于謙堅守京師，號召各地武裝力量勤王救駕。隨後，調通州倉庫的糧食入京，並調河南、山東等地軍隊進京防衛。十三日，于謙派騎兵引誘也先，也先率數萬眾逼近德勝門。明朝伏兵趁機衝擊，神機營火器齊發，敗也先於城下。也先又轉攻西直門，城上守軍發箭炮反擊，也先潰退。京師之圍解除。
景泰元年（1450），也先又繼續對明朝發動攻勢，都被明朝軍隊挫敗。軍事上的失利導致也先進犯明朝的實力大大減弱，加上明朝又另立了皇帝，挾持明英宗已失去了當初的意義。也先於是決定改變策略，送回明英宗，與明朝議和。景泰元年（1450）八月十五日，明英宗回京，明代宗為了防止明英宗對自己產生不良影響，把迎回的哥哥送進南宮閒居，並派人專門守備南宮，不許群臣去朝見，也不許明英宗和廷臣交往，以防止他們進行復辟活動。
南宮復辟
明代宗身患重病，而太子朱見濟已死，皇位繼承問題引起了朝中大臣們的憂慮，新立皇太子又無法取得一致意見。武清侯石亨深知明代宗難以康復，與太監曹吉祥、太常卿許彬、副都御史徐有貞等謀議擁立明英宗復位。景泰八年（1457年）正月十七日凌晨，石亨、徐有貞等以四方邊警為藉口，命手下帶兵入城加強防備。隨即前往南宮迎接明英宗至奉天殿升帝座，徐有貞向等待上朝的大臣們宣告太上皇已復位。明英宗命徐有貞掌管機務，次日加封為兵部尚書，將于謙、王文等逮捕入獄，後來又予以殺害。二十一日，明英宗宣布改景泰八年為天順元年，封石亨為忠國公。此事件在歷史上又稱“奪門之變”。
曹石之變
明英宗再次登基後，一邊罷黜明代宗任用的文武官員，一邊積極封賞參加這次政變的主要人物。獎賞石亨，徐有貞，曹吉祥，總督三大營。不久，石、曹二人排擠徐有貞，將他謫戍到雲南，從此大權獨攬，飛揚跋扈，權傾朝野。他們的囂張也令明英宗不滿。天順三年（1459）七月，明英宗對石亨、石彪內外掌握兵權深感不安，下令召石彪回京。石彪不肯從命，令千戶楊斌等50人出面奏保，乞令石彪鎮守大同，這進一步引起了明英宗的懷疑，下令逮捕了楊斌，經拷訊得知是受石彪的指使，明英宗便立即令石彪“疾馳入京”，八月，下錦衣衛獄，不久石亨也被關進了監獄。第二年（1460）二月，石亨的死使曹吉祥、曹欽等人驚恐萬分，於是加緊了篡奪政權的活動。明英宗得知後，立即逮捕了曹吉祥，並派兵剪滅其黨羽。曹吉祥於3天后被凌遲處死，一場蓄謀已久的叛亂被平息了。
成化時期
天順八年（1464）正月七日，明英宗在彌留之際廢除自明太祖時殘酷的殉葬制度，隨後去世。天順八年正月二十一日，長子朱見深登基正式即帝位，大赦天下，以翌年為成化元年，面對以前的痹症，明憲宗開啟了成化新風之舉。
- 兩宮尊號之爭
明憲宗朱見深明朝中期，土地兼併劇烈，連年的饑荒及苛重的賦役，流民漸多。湖廣荊襄地區比較富庶，是流民集中地，明廷曾派重兵圍剿，試圖阻止流民進入，但未能如願。到成化初，入山墾荒開礦者已達150多萬人。
成化元年（1465）三月，在劉通、石龍與馮子龍等人的領導下，流民在房縣大石廳立黃旗起義，集眾占據了梅溪寺，劉通稱漢王，國號漢，建元德勝，設將軍、元帥等職。次年三月在大市與明軍相遇，因寡不敵眾，劉通被俘遇害。其部將及殘兵在明軍的進剿下，紛紛瓦解，起義失敗。但明朝廷經過這次事件後制定了嚴厲的措施，強迫流民歸鄉，禁止流民進入鄖陽地區。後又開設湖廣鄖陽府，在該地置湖廣行都司和衛所，專門撫治流民。
- 設立西廠
成化十三年（1477）正月，明憲宗設立了一個西廠，由大太監汪直任提督。西廠緹騎倍於東廠，聲勢在錦衣衛之上。汪直用錦衣衛屢興大獄，三品以下的京官大臣，汪直都可以擅自抄家逮問。雖因多名大臣彈劾而一度解散，但不久之後即又恢復，而且氣焰更囂張。當時，從京師到大江南北，西廠的校尉無所不在，大至軍政要事，小至民間鬥雞罵狗等事，無不奏聞，弄得民心惶惶。到了成化十八年（1482）三月，明憲宗以東西兩廠不宜並立為由，關閉了西廠。但東廠仍在，廠禍一直未能停息。
弘治中興
1487年明憲宗去世，其子朱祐樘繼位，即明孝宗，年號弘治。明孝宗在位期間“更新庶政，言路大開”，使得自明英宗以來的陋習得以去除，被譽為“中興之令主”。明孝宗先是將明憲宗時期留下的一批奸佞冗官盡數罷去，逮捕治罪。並選賢舉能，將能臣委以重任。
明孝宗朱佑樘
明孝宗朱佑樘明孝宗勤於政事，每日兩次視朝。明孝宗對宦官嚴加節制，弘治十三年（1500）二月，明孝宗聽從給事中楊廉的建議，更定刑部條例。明朝立法創製都在朱元璋時代。洪武、永樂年間定下制度，法務部門斷案，必須依律擬議，不許妄引條例。明孝宗對繁瑣的條例進行重新修訂，選擇便於操作執行的條例計290餘條，與律同時施行。在整個弘治時期，廷杖、詔獄等慘酷的事情都沒有發生過。而東廠、錦衣衛的橫行不法也有所收斂。
明孝宗力行節儉，不大興土木，減免稅賦。明孝宗的勵精圖治，使得弘治時期成為明朝中期以來形勢最好的時期，明史也稱明孝宗“恭儉有制，勤政愛民”，在其治理下，弘治一朝期間政治清明，百姓富裕。被稱為弘治中興。
正德時期
正德和嘉靖年間是明朝歷史上極為重要的時期。明王朝在歷史的軌道上繼續發展，各種社會矛盾也進一步激化。長時間的穩定帶來的是政治上的僵化與腐敗，但是也為社會經濟和文化的蓬勃發展創造了契機，這段時期是大明帝國最為繁榮的時期，然而一片繁榮的背後，巨大的危機已經孕育。
明武宗朱厚照明武宗在江彬的唆使下詔南巡，遭到明朝百官的集體反對，最終以一百餘位官員受刑或貶遷，明武宗收回成命而告終。1519年六月，寧王朱宸濠叛亂，史稱“宸濠之亂”。雖然僉都御史王守仁在七月底即平定叛亂，明武宗仍然隱瞞戰功，而自封“鎮國公”以平亂為由，於公元1519年八月開始南巡。
嘉靖時期
實質是明世宗通過議禮之爭，打擊楊廷和等先朝閣臣和言官，確立和鞏固自身的統治，推行新政。這一事件以世宗一方勝利結束，不僅對嘉靖年間的政治生活中產生了深遠的影響，更對整個大明王朝的言官體系產生不可磨滅的影響。
明世宗朱厚熜寵信方士，燒煉丹藥，命禮部以“博求淑女，為子嗣計”為名，在京師內外廣選8歲至14歲女子入宮淫樂。一部分遭受虐待的宮女極為怨恨，遂起殺死他的念頭。嘉靖二十一年（1542）十月二十一日凌晨，以楊金英為首的16名宮女，乘明世宗熟睡於乾清宮時企圖把他勒死。由於誤將繩子打了死結，無法勒緊。宮女張金蓮見事不濟，急忙報告皇后。皇后趕到乾清宮後急忙解開繩子。並令領太醫院事之許紳下藥救治明世宗。16名宮女全部被擒，經審訊認為寧嬪王氏是主謀，端妃曹氏亦參預其事。嘉靖二十二年二月，有關人員全部處死。由於嘉靖二十一年是壬寅年，史稱“壬寅宮變”。明世宗遇變倖免於死，在朝天宮建醮7日。事發次日，明世宗移居西苑萬壽宮，從此不再回大內。
- 奸臣輔政
嚴嵩於嘉靖二十一年（1542）任武英殿大學士，入閣參預機務，兼禮部尚書。他一味獻媚明世宗，竊權奪利，誅殺異已。嚴嵩擅長撰寫一些焚化祭天的“青詞”，因而受到皇帝的寵幸。他勾結道士陶仲文進讒言，排擠首輔夏言。因恨翟鑾資歷在其上，嘉靖二十三年（1544）八月暗令言官彈劾翟鑾父子在考進士時作弊，至翟鑾被削職為民。九月，嚴嵩升任首輔，大權獨攬，被稱為“青詞宰相”。他年過花甲，整天在西苑值廬，未曾一歸洗沐，明世宗稱讚其勤奮，更加信任他。嚴嵩以兒子嚴世番和義子趙文華為爪牙，拉攏錦衣衛都指揮陸炳，操縱朝政十餘年，權傾朝野，為所欲為，弄得政治極為黑暗，邊防鬆弛不堪。
南倭北虜時抗倭的戚繼光從嘉靖二十年（1541）開始，蒙古韃靼部首領俺答汗屢次入侵明邊境，給明朝邊疆造成了極大的威脅。嘉靖二十年（1541）九月，俺答汗偕兄長吉囊率韃靼兵入侵山西。翌年閏五月，俺答汗願意明朝修復關係，派使節石天爵與明朝協商，但是大同巡撫龍大將石天爵磔殺於市，傳首九邊，而且還懸賞“擒殺”俺答汗。俺答汗聞訊大怒，在同年夏六月糾合蒙古各部以及大同叛將高懷智等各率兵數萬，經朔州，破雁關，分掠沁州、汾州等地。至七月，俺答汗率部在邊境燒殺搶掠，又殺死明軍副總兵張世忠等多人。自此，終世宗一代俺答汗一直為禍北邊，成為明朝一個心腹大患。
後來山西兵部侍郎曾銑建議嘉靖皇帝收復河套地區，嘉靖本來支持此舉，但是內閣輔臣夏言不遺餘力地助成曾銑之說。然而生性多疑的世宗對夏言與曾銑之間的關係產生了懷疑，從而對出兵河套的信心產生了動搖。嘉靖二十七年（1548）嘉靖在嚴嵩的挑唆下處死曾銑，夏言也被棄市。自是，“後竟無一人議河套者”。
嘉靖二十九年（1550）七月，韃靼部俺答汗聚眾大舉南犯大同。明軍應對失措全線崩潰，俺答汗旋即統大軍直趨通州，分兵剽掠昌平，進犯天壽山諸皇陵。京師宣布戒嚴。嚴嵩害怕出戰失利，戒令諸將不要輕舉妄動。俺答汗兵剽掠大量金銀財物、牲口和人口後由牡羊口（今北京延慶西南）從容出塞。由於這一年是庚戌年，史稱“庚戌之變”。
隆慶新政
參見：隆慶新政
明世宗去世以後，大明進入明穆宗時期。他即位後宣布免除嘉靖朝一切弊政，一時朝野士民都寄希望於新君，企望明穆宗能有所作為。明穆宗能任用才幹大臣，因此他即“中材之主”。明穆宗的統治從總體上看，沒有加劇嘉靖末年的社會危機，甚至有所緩和，而他中年逝世，留下幼子繼承，這便給有才幹的內閣大臣進一步施展治國謀略提供了機會。
明世宗晚年，對道家法術越是痴迷，渴求長生。嘉靖四十五年（1566）十二月，明世宗已是奄奄一息，他命令太監將自己抬回已離開了20多年的乾清宮，當天，便死去，終年60歲。明世宗死後，其第三子朱載垕因他兩個哥哥先已死去，以次序得以繼承皇位，是為明穆宗，改元隆慶。
明穆宗統治期間以隆慶作為年號，朱載垕因為即位前一直生活在宮外藩邸，所以較為體查民情，《明史》說他“端拱寡營，躬行儉約”。明穆宗用人不疑，文有徐階、高拱、張居正、楊博，武有譚綸、王崇古、戚繼光、李成梁。這一時期社會比較穩定，經濟比嘉靖朝有了較大的改觀，所以後世史學家稱其為隆慶新政。
隆慶元年（1567年），明穆宗宣布解除海禁，調整海外貿易政策，允許民間私人遠販東西二洋，史稱“隆慶開關”。民間私人的海外貿易獲得了合法的地位，東南沿海各地的民間海外貿易進入了一個新時期，明朝出現一個比較全面的開放局面。大陸學者王裕巽經過分析認為，從1567年到1644年這段時間，海外流入明朝的白銀總數大約為3億3千萬兩，相當於全世界生產的白銀總量的三分之一。
明穆宗朱載垢俺答汗於十一月遣使節謁見王崇古，雙方達成協定：明朝賜其封號並開通邊境互市。俺答汗將白蓮教主趙全捆綁送往北京，明朝也派遣使節將把漢那吉等人送歸俺答汗。
隆慶五年（1571）三月，明穆宗正式頒詔封俺答汗為“順義王”，賜給印信，名俺答汗所居之城曰“歸化”，其弟侄子孫也各授職有差。在俺答汗帶動下，不久，河套吉能等部也請求入貢，得到批准。自此以後，俺答汗等部每年都進貢互市，同時對附屬各部也嚴加約束，不許他們騷擾明朝邊境。自此，明朝北方邊患始見緩和。
萬曆中興
隆慶六年（1572）五月，明穆宗病危，他傳令大學士高拱、張居正、高儀為顧命大臣，命他們輔佐幼帝。二十六日穆宗病逝於乾清宮。六月初十，皇太子朱翊鈞遵遺詔繼承皇位，改明年為萬曆元年，此為明代在位最久的皇帝明神宗，即位時由於年紀幼小不能處理朝政，只好由兩宮皇太后輔政。兩宮皇太后宮內依靠執掌司禮監督領東廠太監馮保，外靠內閣首輔張居正，開創了萬曆初年的良好政治局面。
明神宗即位僅一個月，大學士張居正即利用宦官馮保排擠掉高拱，代之為首輔，並薦舉禮部尚書呂調陽兼文淵閣大學士，參預機務。至此，國家朝政悉由張居正、馮保兩人執掌。馮、張掌權後，馮保主內廷，張居正主外，朝政大權落在張的手中。張居正進行了一系列扶君舉措。十二月十七日，張居正率講官向明神宗進呈《帝鑒圖說》，以圖解形式對年幼明神宗進行教育。同時為扭轉嘉靖、隆慶以來軍政腐敗、財政空虛、民不聊生、危機嚴重的局面，以除舊布新、振綱除弊和富國強兵為宗旨，在整頓吏治、整飭邊防、整頓經濟、興修水利等諸多主面進行了一系列的改革。經過10年的努力，張居正的改革措施多數得到實施並取得顯著成效，“海內肅清，四夷讋服，太倉粟可支數年”，“天下宴然”。但是他的改革卻受到官僚大地主的反對抵制。萬曆十年（1582）張居正死，改革也隨之終止。
進行改革的張居正
進行改革的張居正明朝後期
明王朝經明光宗的短命和明熹宗的錯庸使得國勢進一步下滑。企圖挽救明王朝滅亡的明思宗即位後，雖然有所作為，勤政有加，但內憂外患紛至沓來，而對這樣一個積重難返的局面，明思宗朱由檢已沒有能力駕馭這種江河日下的形勢了。
萬曆怠政
內閣首輔張居正死後，明神宗就開始荒於政事。李太后年紀漸大，對明神宗也實在無力再管束。萬曆十七年（1589）元旦，明神宗以日食為由免去元旦朝賀。萬曆十七年十二月，大理寺左評事雒於仁上疏，稱明神宗沉湎於酒、色、財、氣。閣臣王家屏次日再上一本，自請罷官。最後明神宗竟三十年不上朝，只在萬曆四十三年（1615年）勉強到金鑾殿上亮了一次相，許多朝臣都沒見過皇帝一面，經過這一時期明朝的國力進一步衰退。
而此時的努爾哈赤率領的女真族卻崛起於東北地區，以後成了明朝的大患。
國本之爭
明神宗久未立儲，成為朝臣爭執之端，無意中亦成為東林黨議上肇始。萬曆二十二年（1594），欲立鄭貴妃所生子朱常洵為太子，廷臣則普遍請立皇長子朱常洛為太子，故朝廷出現國本之爭。吏部文選郎顧憲成力爭“無嫡立長”，觸犯明神宗。首輔王錫爵將辭官，顧憲成推舉王家屏代為首輔，王家屏也是立長派，顧憲成因此再次觸怒明神宗被革職還鄉。
東林黨爭
明朝萬曆皇帝萬曆三十三年（1605年）東林黨人楊時喬與左都御史溫純主持乙巳京察，距癸巳已十二年，期間爆發了“偽楚王案”，形成沈一貫與沈鯉兩大集團的鬥爭，沈鯉藉機貶謫浙黨官員給事中錢夢皋、鐘兆斗及御史張似渠、於永清，沈一貫則稱病閉門家居，最後內閣只剩朱賡一人，葉向高曾說“廊廟空虛一也；上下否隔二也；士大夫好勝喜爭，三也；多藏厚積必有悖出之釁四也；鳳聲氣習日趨日下莫可挽回，五也”。
萬曆三十九年（1611年）辛亥京察，由年屆八十的吏部尚書孫丕揚主持，徐紹吉、周永春等策劃傾覆東林，被吏部右御郎王圖制止。這時期朝廷的黨爭形成南黨和北黨之爭，互相攻擊，京畿道御史徐兆魁說：“東林所至，傾動一時，能使南北交攻，角勝黨附”。日後閣部大臣，長久缺員，萬曆帝亦置之不理，葉向高先後上疏百餘次，力陳：“今自閣臣至九卿台省，曹署皆空，南都九卿亦只存其二”，“陛下萬事不理，以為天下長如此，臣恐禍端一發不可收也”。吏部尚書孫丕揚曾推薦沈鯉、郭正域、顧憲成、趙南星、高攀龍等，神宗一概不理。
萬曆四十五年（1617年）浙黨吏部尚書鄭繼之主持丁巳京察，是神宗朝最後一次京察，齊、楚、浙三黨大肆斥逐東林黨人。至此朋黨之爭，愈演愈烈。
泰昌元年（1620年）的移宮案中，楊漣、左光斗等東林黨人擁立太子朱由校繼位有功，趙南星、高攀龍、顧大章、夏嘉遇、周宗建等重新啟用。天啟三年（1623年）東林黨人主京察，又逐齊楚浙黨，明末考核京官的制度成為黨爭的工具。明末國子祭酒倪元璐說：“其始天子靜攝，聽臣工群類之自戰而不為之理，所謂鼠斗穴中，將勇者勝耳。故其時其血玄黃，時勝時敗”。
萬曆三大征
- 寧夏之役。即鎮壓哱拜之亂。
哱拜原為蒙古族人，嘉靖年間降明，積功升都指揮。萬曆二十年二月，糾合其子哱承恩、義子哱雲及土文秀等，嗾使軍鋒劉東暘叛亂，此後東暘自稱總兵，以拜為謀主。明廷特調副麻貴馳援，又調李如松為寧夏總兵，以浙江道御史梅國楨監軍，統遼東、宣、大、山西兵及浙兵、苗兵等進行圍剿。將寧夏城團團包圍，並決水灌城。叛軍失去外援，城內彈盡糧絕，同時內部發生火併，哱拜之亂全部平息。
播州位於四川、貴州、湖北間，山川險要，廣袤千里。自唐楊端之後，楊氏世代統治此地，接受中央皇朝任命。明初，楊鏗內附，明任命其為播州宣慰司使。萬曆初為播州宣慰司使，驕橫跋扈，作惡多端，並於萬曆十七年公開作亂。明廷起用前都御史李化龍兼兵部侍郎，節制川、湖、貴3省兵事，並調劉綎及麻貴、陳璘、董一元等南征。二十八年，徵兵大集，二月，在總督李化龍指揮下，明軍分兵八路進發。六月，明軍入城，播州平。後分其地為遵義、平越二府，分屬四川、貴州。
- 朝鮮之役。即援朝逐倭（日本）之戰。
“三大征”是萬曆當政的48年中唯一可圈可點的政績，這之後萬曆就隱居深宮倦理朝政，做了二十多年的“隱居皇帝”。
薩爾滸大戰
萬曆四十六年、後金天命三年（1618）四月，愛新覺羅·努爾哈赤以“七大恨”告天，正式叛明。萬曆四十七年（1619）三月，明軍與後金戰於薩爾滸，當時明軍援遼之師大集，恰遇葉赫告急求援，明兵部左侍郎兼右僉都御史、經略遼東楊鎬遂於二月在遼時誓師，期藉此消滅後金，解除東北邊防威脅。由於明朝指揮失當，明軍進入伏擊圈，前後夾擊，全軍覆沒，朝鮮援軍亦投降。這次薩爾滸大戰，明軍損失慘重，後金軍勢大振，又於六月、八月先後攻陷開元、鐵嶺，馬林戰死。從此，後金與明之間攻守之勢逆轉，後金兵開始了長驅直入征討明朝的掠奪之戰。
天啟時期
萬曆四十八年（1620）七月，明神宗去世。八月，朱常洛即位，改元泰昌，是為明光宗。
明光宗朱常洛
明光宗朱常洛他在登基前的七月廿二日及廿四日，倆次發內帑總計一百六十萬兩，賞賜在遼東前線明軍並重用名將熊廷弼對抗後金的崛起，緩解薩爾滸之役後前線的困境。光宗也相繼重用東林黨人使朝政轉危為安，但僅僅過了1個月，朱常洛因病服用鴻臚寺丞李可灼所進紅丸而死，史稱“紅丸案”。但光宗在十多年不得其父寵愛下登位，心理高興有餘一口氣收下鄭貴妃向他進獻8位美女。由於縱慾過度不久病倒，太監崔文升進以瀉藥，連瀉三四十次；八月二十九日，又因服用李可灼的紅丸，九月一日五更時猝死，時年39歲。
- 閹黨干政
泰昌元年（1620）九月一日，明光宗病逝，年已16歲的皇長子朱由校即位，下詔改元天啟，是為明熹宗。
明熹宗即位後，魏忠賢開始得志。天啟三年（1623）十二月，魏忠賢受命提督東廠，一時廠衛之毒流通天下。一大批不滿魏忠賢之官員士子慘死獄中；一大批無恥之徒都相繼阿附於他，其中有“五虎”、“五彪”、“十孩兒”、“四十孫”之號；更有一批阿諛之臣到處為他修建生祠，糜費民財數千萬。他自稱九千歲，打擊異已，專斷國政，以致人們“只知有忠賢，而不知有皇上”。天啟七年（1627），朱由檢即位後，大力懲治閹黨，治魏忠賢十大罪，命逮捕法辦。他得悉後自縊而死。至崇禎二年（1629年），其餘黨也被徹底肅清。
而此時的明朝正是國家內部饑荒頻傳，民變不斷，外患持續，明朝已經陷入風雨飄搖之境地。
崇禎治亂
明思宗朱由檢朱由檢即位後，首要任務是從魏忠賢手中奪權，而此時的魏忠賢則由於熹宗早亡而失去了靠山，雖然手中仍有相當勢力，但不敢如以前那樣驕橫。 九月，魏忠賢請辭東廠職，朱由檢沒有批准；他又“乞止生祠”，但只被允止少許。十月以後，魏忠賢集團內部分化，有人彈劾魏忠賢之罪。朱由檢不失時機地向魏忠賢開刀，他先是下令安置魏忠賢于于鳳陽，繼而又下令逮捕。魏忠賢聞悉後自縊而死。由此，朱由檢真正掌握了國家大權。
狼煙四起
- 滿清的崛起和對明朝的騷擾
天啟六年（1626）努爾哈赤敗回瀋陽。後治療無效而死。皇太極即後金汗位。皇太極即位以後，調整滿漢關係，使他治下的漢人各安本業。他在改汗為帝之後不久，即崇德元年（1636）東征朝鮮，即消除了對明戰爭的後顧之憂，又擴充軍事實力。皇太極採取的這些措施，也迅速鞏固了自己的統治。
崇禎二年（1629年）皇太極改採繞道長城以入侵北京，袁崇煥緊急回軍與皇太極對峙於北京廣渠門。經六部九卿會審，最後殺袁崇煥，史稱己巳之變。其後皇太極多番遠征蒙古，終於在六年後（崇禎八年）徹底擊敗林丹汗，次年在盛京稱帝，改國號為大清，並且五次經長城入侵明朝直隸、山東等地區。當時直隸連年災荒疫疾，民不聊生。遼西局勢亦日益惡化，清軍多次與明軍作戰，最後於1640年占領錦州等地，明軍主力洪承疇等人投降，明朝勢力退縮至山海關。
- 內地農民起義爆發
崇禎三年（1630），李自成跟隨“闖王”高迎祥起義，號為“闖將”。崇禎九年（1636）八月，高迎祥在戰鬥中被俘犧牲，李自成被推為闖王。經過九年多來的南征北戰，這時的李自成已是農民軍的領袖。他率領的部隊堅甲鐵騎，逐漸成為各路起義軍中一支舉足輕重的隊伍。
煤山殉國
崇禎十七年（1644）三月，大順軍會師北京城下。李自成指揮大軍環攻九門。大順軍將士架飛梯奮力攻城，攻占外城。與此同時，太監曹化淳獻彰義門投降。崇禎帝聽到城破，立即命其3個兒子更衣出逃，逼周皇后自縊，劍砍長女樂安公主手臂，又殺妃嬪數人，然後換上便服，攜太監王承恩等數十人，出東華門，企圖出逃，沒成功，又返回宮內。十九日清晨，李自成軍攻破內城。崇禎帝親自響鐘召集百官，竟無一人回響，崇禎帝見大勢已去，便與太監王承恩入內苑，對縊於煤山（景山）壽皇亭樹下，明朝至此宣告滅亡。
連環畫裡的李自成
連環畫裡的李自成李自成攻克北京後，縱容部將在京城內不惜重刑相逼大肆搜刮遂失民心，又沒有及時應對駐守山海關明將吳三桂，結果走投無路的吳三桂引清軍入關。四月二十一日，李自成親率部隊攻吳三桂，失敗。四月二十九日，李自成在武英殿匆匆即皇帝位，深夜便焚燒宮殿與九門城樓，向西撤退。大順軍僅在北京駐紮四十一日。之後，大順軍接連內訌，戰鬥力大損，與清軍交戰時也連連失敗。
南明時期
參見：南明
弘光時期
明朝滅亡後，在南方尚有勢力，史稱南明。南明主要勢力有四系王，分別是福王弘光帝朱由嵩、魯王監國朱以海、唐王隆武帝朱聿鍵與紹武帝朱聿鐭、桂王永曆帝朱由榔等。當南明滅亡後，又有鄭成功建立的明鄭與夔東十三家軍抗清。1644年北京被李自成攻陷後，南明大臣意圖擁護皇族北伐。經過多次討論後由鳳陽總督馬士英與江北四鎮高傑、黃得功、劉澤清與劉良佐擁護明思宗的堂兄弟福王朱由嵩稱帝，即弘光帝，史稱南明。1645年清朝派多鐸率大軍南下南京，此時弘光帝昏庸，大權由閹黨餘孽掌握，江北四鎮各自為營，最後陸續瓦解。清軍攻破史可法死守的揚州，弘光帝逃至蕪湖被逮，送到北京殺害。此期間清軍發起揚州十日、江陰屠城與嘉定三屠等大屠殺以鎮壓反抗的漢人。
擁護弘光政權的史可法
擁護弘光政權的史可法隆武與紹武政權
弘光帝死後，魯王朱以海於浙江紹興監國；而唐王朱聿鍵在鄭芝龍等人的擁立下，於福建福州稱帝，即隆武帝。然而這兩個南明主要勢力互不承認彼此地位而互相攻打。1651年在舟山群島淪陷後，魯王朱以海在張名振、張煌言陪同下，赴廈門依靠鄭成功，不久病死在金門。隆武帝屢議出師北伐，然而得不到鄭芝龍的支持而終無所成。1646年，清軍分別占領浙江與福建，魯王朱以海逃亡海上，隆武帝於汀州逃往江西時被俘而死。鄭芝龍向清軍投降，由於其子鄭成功起兵反清而被清廷囚禁。朱聿鍵死後，其弟在廣州受蘇觀生及廣東布政司顧元鏡擁立稱帝，即紹武帝，於同年年底被清將李成棟攻滅。同時間桂王朱由榔於廣東肇慶稱帝，即永曆帝。
永曆政權
1646年永曆帝獲得瞿式耜、張獻忠餘部李定國、孫可望等勢力以及福建鄭成功勢力的支援之下展開反攻。同時各地降清的原明軍將領先後反正，例如1648年江西金聲桓、廣東李成棟、廣西耿獻忠與楊有光率部反正，一時之間南明收服華南各省。然而於同年，清將尚可喜率軍再度入侵，先後占領湖南、廣東等地。兩年後，李定國、孫可望與鄭成功發動第二次反攻，其中鄭成功一度包圍南京。然而，最後因為距離互相難以照應，內部又發生孫可望等人的叛變而節節敗退。1661年，清軍三路攻入雲南，永曆帝流亡緬甸首都曼德勒，被緬甸王莽達收留。後吳三桂攻入緬甸，莽達之弟莽白乘機發動政變，殺死其兄後繼8月12日，莽白髮動咒水之難，殺盡永曆帝侍從近衛，永曆帝最後被吳三桂以弓弦絞死，南明亡。
在台灣堅持抗清的鄭成功