食品微生物檢測是運用微生物學的理論與方法，檢驗食品中微生物的種類、數量、性質及其對人的健康的影響，以判別食品是否符合質量標準的檢測方法。
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簡介
食品微生物檢驗方法是食品質量管理必不可少的重要組成部分，它是貫徹“預防為主”的方針，可以有效地防止或者減少食物人畜共患病的發生，保障人民的身體健康。食品微生物檢驗是衡量食品衛生質量的重要指標之一，也是判定被檢食品是否食用的科學依據之一。通過食品微生物檢驗，可以判斷食品加工環境及食品衛生情況，能夠對食品被細菌污染的程度作出正確的評價，為各項衛生管理工作提供科學依據。
範圍
①生產環境的檢驗：車間用水、空氣、地面、牆壁等。
②原輔料檢驗：包括食用動物、穀物、添加劑等一切原輔材料。
③食品加工、儲藏、銷售諸環節的檢驗：包括食品從業人員的衛生狀況檢驗、加工工具、運輸車輛、包裝材料的檢驗等。
④食品的檢驗：對出廠食品、可疑食品及食物中毒食品的檢驗。
範圍
國內外開展微生物檢驗的食品種類較多，食品分類方法也不盡相同。總的來看涉及微生物檢驗的食品種類主要有：奶製品、預烹煮食品、飲用水、蛋製品、水果、穀物、嬰幼兒食品、肉及肉製品、軟體動物、禽肉、貝類、白明膠、香草（藥）、即食食品、罐頭食品、調味品，粉類製品、豆製品、冷凍飲品、糖果、海鮮、甜點、蔬菜、藻類、食療食品、米麵製品等。
我國開展微生物檢驗的重點食品種類為：奶製品、罐頭食品、調味品、蛋製品、澱粉類製品、發酵和非發酵性豆製品、冷凍飲品、糖果、飲用天然礦泉水等，其中食糖以及保健品的微生物檢驗為我國所獨有。
指標
菌落總數
菌落總數是指食品檢樣在嚴格規定的條件下（樣品處理、培養基及其pH值、培養溫度與時間、計數方法等）培養後，單位重量(g)、容積(mL)或表面積(cm2)上，所生成的細菌菌落總數。
菌落總數大腸菌群
腸桿菌科的埃希氏菌屬，檸檬酸桿菌屬，腸桿菌屬和克雷伯菌屬統稱為大腸菌群 。它們均來自人或溫血動物腸道，不形成芽孢，在35－37℃條件下發酵乳糖產酸產氣的革蘭氏陰性桿菌。這些細菌是寄居於人及溫血動物腸道內的常居菌，它隨著大便排出體外。食品中如果大腸菌群數越多，說明食品受糞便污染的程度越大。故以大腸菌群作為糞便污染食品的衛生指標來評價食品的質量，具有廣泛的意義。
大腸菌群致病菌
致病菌即能夠引起人們發病的細菌。大腸菌群檢驗呈陽性，並懷疑食品可能受到致病菌污染時可進行致病菌檢驗。在我國現有的國家標準中，致病菌一般指“腸道致病菌和致病性球菌”，主要包括沙門氏菌、志賀氏菌、金黃色葡萄球菌、致病性鏈球菌等四種，致病菌不允許在食品中檢出。
對不同的食品和不同的場合，應選擇一定的參考菌群進行檢驗。如海產品以副溶血性弧菌作為參考菌群，蛋與蛋製品以沙門氏菌菌、金黃色葡萄球菌、變形桿菌等作為參考菌群，米、面類食品以蠟樣芽孢桿菌、變形桿菌、黴菌等作為參考菌群，罐頭食品以耐熱性芽孢菌作為參考菌群等。
黴菌及其毒素
我國還沒有制定出黴菌的具體指標，鑒於有很多黴菌能夠產生毒素，引起食物中毒及其他疾病，故應該對產毒黴菌進行檢驗。如麴黴屬的黃麴黴、寄生麴黴等，青黴屬的橘青黴、島青黴等，鐮刀霉屬的串珠鐮刀霉、禾穀鐮刀霉等。
黴菌其他指標
微生物指標還應包括病毒，如肝炎病毒、豬瘟病毒、雞新城疫病毒、馬芷克氏病毒、口蹄疫病毒、狂犬病病毒，豬水泡病毒等；另外，從食品檢驗的角度考慮，寄生蟲也被很多學者列為微生物檢驗的指標，如旋毛蟲、囊尾蚴、豬肉孢子蟲、蛔蟲、肺吸蟲、弓形體、蟎、薑片吸蟲、中華分枝睪吸蟲等。
美國開展的食品微生物檢驗項目主要包括：需氧菌平板計數、糞大腸菌群、大腸埃希氏菌、凝固酶陽性葡萄球菌、沙門氏菌、霍亂弧菌、副溶血性弧菌、單核細胞增生李斯特氏菌、創傷弧菌、肉毒梭菌、麻痹性貝類毒素、神經性貝類毒素、遺忘性貝類毒素以及組胺等。
程式
（1）採集樣品
採樣前要了解所採樣品的來源、加工、儲藏、包裝、運輸等情況，採樣時必須做到：使用的器械和容器需經滅菌，嚴格進行無菌操作；不得加防腐劑；液體樣品應攪拌均勻後才去採樣，固體樣品應在不同部位採取以使樣品具代表性；取樣後及時送檢。
國際食品微生物標準委員會(ICMSF)制定的食品微生物學分析採樣方法，目前已在國內外被逐步推廣採用。ICMSF根據以下原則來規定不同的採樣數：①各種微生物本身對人的危害程度各有不同；②食品經不同條件處理後，其危害程度可分為3種情況：危害度降低；危害度未變；危害度增加。依據ICMSF採樣方法規定，其中：n：指一批產品採樣個數；c：指該批產品中檢樣菌數超過限量的檢樣數；m：指合格菌數限量；M：指附加條件後判定為合格的菌數限量。
（2）樣品送檢
採集好的樣品應及時送到食品微生物檢驗室，一般不應超過3h，如果路程較遠，可將不需冷凍的樣品保持在1～5℃的環境中，勿使凍結，以免細菌遭受破壞。
樣品送檢時，必須認真填寫申請單，以供檢驗人員參考。
檢驗人員接到送檢單後，應立即登記，填寫序號，並按檢驗要求，立即將樣品放在冰櫃或冰盒中，並積極準備條件進行檢驗。
（3）樣品處理
樣品處理應在無菌室內進行，若是冷凍樣品必須事先在原容器中解凍，解凍溫度為2～5℃不超過18h或45℃不超過15min。
a.固體樣品
用無菌刀、剪或鑷子稱取不同部位的樣品，剪碎放入滅菌容器內，加一定量的水混勻，製成1: 10混懸液，進行檢驗。在處理蛋製品時，加入約30個玻璃球，以便震盪均勻。生肉及內臟，先進行表面消毒，再剪去表面樣品，採集深層樣品。
b.液體樣品
原包裝樣品用點燃的酒精棉球消毒瓶口，再用經石炭酸或來蘇兒消毒液消過毒的紗布將瓶口蓋住，用經火焰消毒的開關器開啟。搖勻後用無菌吸管吸取；含有二氧化碳的液體食品，按上述方法開啟瓶蓋後，將樣品倒入無菌磨口瓶中，蓋上消毒紗布，將蓋開一小縫，輕輕搖動，使氣體逸出後進行檢驗；將冷凍食品放入無菌容器內，融化後檢驗。
c.罐頭
罐頭進行密閉試驗、膨脹試驗和檢驗。將被檢驗罐頭置於85℃以上的水浴中，使罐頭沉入水面以下5 cm，觀察5 min，如有小氣泡連續上升，表面漏氣；另外將罐頭放在(37±2)℃環境下7d，如是水果、蔬菜罐頭，放在20～25℃環境下7d，觀察其蓋和底有無膨脹現象。檢驗時，先用酒精棉球擦去罐上油污，然後用點燃的酒精棉球消毒開口的一端，用來蘇兒消毒紗布蓋上，再用滅菌的開罐器打開罐頭，除去表層，用滅菌匙或吸管取出中間部分的樣品進行檢驗。
罐頭
罐頭（4）檢驗
每種指標都有一種或幾種檢驗方法，可根據不同的食品、不同目的來選擇恰當的檢驗方法。通常所用的常規檢驗方法為現行國家標準，或國際標準，（如FAO標準、WHO標準等），或食品進口國的標準（如美國FDA標準、日本厚生省標準、歐共體標準等）。
食品衛生微生物檢驗室接到檢驗申請單，應立即登記，填寫試驗序號，並按檢驗要求立即將樣品放在冰櫃或冰盒中，積極準備條件進行檢驗。
一般陽性樣品發出後3d（特殊情況可適當延長）方能處理樣品；進口食品的陽性樣品，需保存6個月方能處理。陰性樣品可及時處理。
（5）結果報告
樣品檢驗完畢後，檢驗人員應及時填寫報告單，簽名後送主管人核實簽字，加蓋單位印章，以示生效，並立即交給食品衛生監督人員處理。
