微生物及酶工程，是通過微生物的基因調控研究，探索微生物生理代謝本質的生物工程。
研究內容
1.基因調控及高效基因表達系統構建、改造：主要研究外源基因在真核微生物中表達的機構及調控元件以及這些元件相互作用的機理，探尋微生物生理及代謝活動的本質，為進一步開發利用微生物資源提供理論基礎，同時也為構建更有效的真核微生物高效表達系統，有效地表達外源基因提供理論依據。
2.有用微生物的篩選、基因克隆、表達：利用雲南省生物多樣性的優勢，大量篩選有經濟價值的微生物，進行基因克隆，一方面為建立微生物基因庫，為微生物生理代謝活動提供分子生物學理論依據，另一方面利用有效的表達系統對具有重大經濟價值的基因進行表達，產出相關產品，為經濟建設服務。
3.與生物工程產品生產有關的生產工藝研究、設備的設計和製造以及產品套用研究等。
目前我們在微生物與酶工程這一方向上已形成了自已的優勢：
1、已構建出能高效表達的絲狀真菌和酵母表達系統，並成功地利用這些表達系統，進行飼用酶製劑和基因工程藥物的開發。該項技術在理論和實際套用上都達到國內外的先進水平。
2、在微生物生態製劑開發研究上取得了可喜成績。已通過對微生物與人和動物之間、微生物與植物之間以及微生物之間共生、互生、抑制等生態關係的研究，找出能抑制動植物病害和促進動植物生長的微生物及代謝產物，在土傳真菌病害及其生態製劑研究開發、舌表硝酸鹽還原菌生態，光合細菌開發研究、菸草真菌病害的生態防治以及畜禽抗蟲藥物的研究與開發上取得了一系列成果。
1994年以來，該方向已完成國家自然科學基金項目2項，在研國家863項目1項，雲南省攻關項目1項，發表研究論文50餘篇，已轉讓科技成果1項（區域性轉讓費680萬元），完成大規模套用科技成果1項。獲雲南省科技進步一等獎一項。
雲南省是動植物王國，由於其生物的多樣性，開發生物製劑具有得天獨厚的天然優勢，為了配合中央西部大開發及雲南省關於建設中華生物谷的構想，充分挖掘雲南省微生物資源，採用生物高科技手段開發新的微生物製劑，是發展我省經濟的一個重要內容，也是我們的宗旨和目標。
