明正統二年(1437年)格魯派僧人喜饒桑布在昌都建強巴林寺，通常稱昌都寺，並自任堪布。至第三任堪布採用活佛轉世的辦法繼承，稱帕巴拉活佛。清順冶帝時封帕巴拉活佛為博善禪師、諾門汗。清康熙五十八年(1719年)因帕巴拉活佛協助清軍人藏有功，康熙帝封帕巴拉活佛為呼圖克圖，頒給印、誥，並將昌都封為其香火地，有屬民7000多戶，形成帕巴拉呼圖克圖管轄區，受駐藏大臣和達賴喇嘛領導。昌都寺另有喜瓦拉呼圖克圖、賈熱活佛、滾多活佛，在帕巴拉活佛圓寂或年幼時，從他們中推派一人掌管帕巴拉活佛的政教事務。昌都寺有屬寺50多座，僧人4500多人，亦屬帕巴拉活佛管轄。帕巴拉活佛轄區有昌堆、昌麥、百日、穹波、米加達5個小宗，18個甲本區和昌都城區，均由帕巴拉拉章管理行政事務，拉章由強佐負責。強佐之下設涅欽(大管家)3人，協助強佐工作。另有仲譯3人管文書，協本2人管刑法派差，涅窮3人管征糧收稅。5個小宗由帕巴拉活佛委派宗本。各甲本區設甲本1人，由拉章委派。甲本之下設居本、溪堆各數人。在清代，拉章強佐最初由理藩院任命，後由帕巴拉活佛委派。]918年藏軍占領昌都後，拉章強佐仍由帕巴拉活佛委派，但須報請達賴喇嘛批准。
