新生兒期生理狀況的迅速改變明顯影響抗生素的藥代動力學和毒理學特性，因此有必要計算藥物的劑量經驗性治療常在細菌培養和抗生素藥敏試驗得到結果前開始，通常是氨苄青黴素和一個氨基糖苷類藥物的聯合使用，或者在適當時氨苄青黴素和一個廣譜的能很好地滲透進入腦脊液的頭孢菌素聯合（新生兒敗血症）.嬰兒室內微生物的流行和對抗生素的耐藥資料有助於對治療的選擇.如果出現皮膚病損或懷疑有醫院內感染，建議加用覆蓋葡萄球菌的藥物.儘管如此，藥效強的廣譜抗生素如新的頭孢菌素能引起劇烈的腸內菌叢變化，出血性疾病，細菌耐藥顯現以及酵母菌或腸球菌的超級感染
抗生素的吸收,抗生素的分布,抗生素的代謝和排泄,
抗生素的吸收
由於新生兒血管運動不穩定，在嚴重細菌感染時，導致無法預計皮下或肌內給藥的吸收狀況.因此如果可能，對嚴重感染者應經靜脈給藥.口服抗生素可用於感染不嚴重的病兒.
抗生素的分布
新生兒細胞外液占體重的45%，就體重而言，需要某種藥物的劑量相對比成人大（如氨基糖苷類）.早產兒血清白蛋白濃度低，由於減少了抗生素與蛋白的結合而影響到藥物的分布.藥物替代膽紅素與白蛋白結合（如磺胺，頭孢三嗪）可能增加核黃疸的危險性.
抗生素的代謝和排泄
新生兒某些酶的缺乏或缺陷可延長某種藥物的半衰期，並有增加其毒性的危險性，例如：肝葡萄糖醛酸轉移酶活性的不成熟減少了與氯黴素的結合，導致血濃度的延長和升高，可引起心血管衰竭和死亡（灰嬰綜合徵）.如果可能，應避免使用氯黴素，否則必須監測藥物血濃度，特別在同時使用利副平，苯巴比妥或者對乙醯氨基酚時，因為可造成對肝臟代謝的干擾.腎小球濾過率和腎小管分泌功能的下降，增加了青黴素和氨基糖苷類的半衰期，在生後6個月內應根據腎功能變化調整這些抗生素的劑量.
