修飾鹼基

又稱稀有鹼基，這些鹼基在核酸分子中含量比較少，但他們是天然存在不是人工合成的，是核酸轉錄之後經甲基化、乙醯化、氫化、氟化以及硫化而成。

多半是主要鹼基的甲基衍生物。如：5-甲基胞苷、5，6-雙氫脲苷等。另外有一種比較特殊的的核苷：假尿嘧啶核苷是由於鹼基與核糖連線方式的與眾不同，即尿嘧啶5位碳與核苷形成的C-C糖苷鍵。tRNA中含有修飾鹼基比較多，有的tRNA含有的稀有鹼基達到10%。