影片《飛碟導航員》的故事發生在1978年，年紀12歲的男孩David Freeman在他由森林返家的途中，不慎跌落一個深谷，當他恢復意識回到家中，卻意外發現房子裡住的居然是陌生人，而且時間是1986年，這位外貌仍為12歲的David後來找到了親人，原本比David年紀小4歲的弟弟Jeff，如今都比David 還大。這件事發生的同時，美國太空總署發現一太空飛行物降落地球，他們認為這跟David的遭遇有某種關係，於是將David帶去作測試，希望找到兩事件之間的關聯性，解開一切迷團，沒想到David居然與這艘神奇的太空船建立友誼，開始他們一連串翱翔天際的冒險。
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