農副產品清選業務審計是對商業和供銷合作社企業收購的農副產品進行清除雜質、去掉水分、挑選整理、分等分級等業務的審計。
其主要內容：(1)審查農副產品清選業務內部控制系統的完善性和符合性，清選批次是否分明，做到按批清選，批清批轉，利於及時調運，清選前後是否認真點驗數量、質量、單證、記錄和有關手續是否完備、銜接；(2)審查農副產品清選的各項費用是否經濟、正確、合規，清選中的損耗和計價是否正確，有無虛報損耗掩飾經營管理不善造成的損失和貪污舞弊行為；(3)審查農副產品清選前後等級升降變化原因是否清楚、正確，清選後入庫商品的數量是否真實，質量是否合格等；(4)審查農副產品清選後的商品進價成本計算是否真實、正確，各批次同一等級的商品價格有無前後相差懸殊的情況，有無在收購、報耗、分等分級、記帳和定價等環節出現差錯或有意作假、隱瞞損失等情況。
