註冊債券亦稱“登錄債券”。可註冊登記的債券。日本的 “社債登錄法” 規定，公債、公司債券持有人可向承辦註冊登錄事務的註冊登錄機關請求將其住址、姓名及所持債券的權利內容記錄於 “公債、公司債的註冊賬簿 (登錄簿)” 上，以保證持有人的利益。購買這種債券支付款項後，領到的不是實際債券，而是要求登記機關交給債權人一張替代債券憑證，即 “註冊完畢債券證明書”。
證明書中標明債券性質、面額、種類、金額以及各種面額的張數和債券的號碼等。但此證明書不是有價證券，僅用以證明公債、公司債的權利已依社債登錄法在註冊簿上登記，所以不能買賣，不能用作抵押。可註冊的債券有：公司債、地方政府債、依特別法律設立的非企業法人發行的債券，以及外適用的註冊制度。發行註冊債券的優點是： 可以避免債券的遺失、盜竊、污損等; 節約債券印製、保管、運輸等費用，減少發行成本;債券利息支付手續簡便。註冊債券的登錄手續包括： 根據投資人的要求，在註冊機關的註冊賬簿上進行登記; 一般情況下，登記註冊手續費用由債券發行人負擔; 登記註冊以後的手續，包括登記取消轉賣時仍以註冊債券的形式原封不動地賣出，但轉賣費用由購買人負擔。私募債券通常以註冊債券形式發行，因為： 投資機構少，一般不超過50家; 各個投資機構投資金額較大; 債券轉賣的較少。公募債券，根據投資者的要求，也可進行登記，在日本公募債券的登記數量一般為發行總額的60%。
