螢光蛋白家族是從水螅綱和珊瑚類動物中發現的相對分子質量為20 000～30 000的同源蛋白。綠色螢光蛋白是套用最多的發光蛋白。GFP存在於發光水母中。用395 Bin的紫外線和475 nm的藍光激發，GFP可以在508nm自行發射綠色螢光，無需輔助因子和底物。GFP最大的優勢是無需損傷細胞即可研究細胞內事件。
其他突變體還有藍色螢光蛋白（BFP）、增強型GFP(EGFP）和去穩定EGFP(destabilizedEGFP）等。紅色螢光蛋白是從珊瑚中分離的發光蛋白，可發射明亮的紅色螢光。這些常用的報告基因也可被聯合套用，同時檢測2個甚至3個基因的表達。報告基因的選擇依賴於其靈敏性、可靠性及監測的動力學範圍。穩定性好的報告基因適於基因轉錄動力學研究和高通量篩選，尤其適用於基因轉移的定性研究。
