種子微生物是寄附在種子上的微生物的通稱。其種類繁多，而與貯藏種子關係最密切的主要是真茵中的霉茵，其次是細茵和放線茵。
由於種子微生物的作用往往導致種子變色、變味、發熱、生霉以及霉爛，與此同時種子的發芽率總是隨著霉茵的增長和種子霉變程度的加深而迅速下降，以致完全喪失。
在田間感病的種子，大多數發芽率很低，即使發芽，在苗期或成株期也會再次發生病害。
種子微生物的活動主要受貯藏時水分、溫度、空氣及種子本身的健全程度和理化性質等因素的影響和制約。此外，種子中的雜質含量、害蟲以及器具和環境衛生等對微生物的傳播也起到相當重要的作用。因此對種子微生物的控制應從以下幾方面著手。
l、提高種子質量
高質量的種子對微生物的抵禦能力較強。為提高種子的生活力。應在種子成熟時適時收穫，及時脫粒和乾燥，並認真做好清選工作，去除雜物、破碎粒、不飽滿的籽粒。入庫時注意五分開以提高種子貯藏的穩定性。即：新種子與陳種子分開、乾種子與濕種子分開、有蟲種子和無蟲種子分開、不同種類的種子分開、不同純度、淨度的種子分開。
2、乾燥防霉
種子含水量和倉內相對濕度低於微生物生長所需求的最低水分時，就能抑制微生物的活動。因此，首先要求種子倉要能夠防濕、防潮、防漏，同時具有良好的通風、密閉性；其次種子入庫前要充分乾燥，使含水量保持在與相對濕度65%相平衡的安全水分界限以下：在種子貯藏過程中，可以採用乾燥密閉的貯
藏方法，防止種子吸濕回潮；在氣溫變化的季節還要控制溫差，防止結露。高水分種子入庫後要抓緊時機，通風降濕。
3、低溫防霉
控制貯藏種子的溫度在霉茵生長適宜的溫度以下，可以抑制微生物的活動。保持種子溫度在l5℃以下，倉庫內相對濕度在65%～7O%以下，可以達到防蟲、防霉、安全貯藏的目的。這就是所謂的“低溫貯藏”的溫濕度界限。
控制低溫的方法可以利用自然低溫法和通冷風降溫法。前者是倉外薄攤冷凍，趁冷密閉貯藏。後者是機械製造冷氣吹到庫內將種子進行冷凍。低溫防霉法要特另1注意種子的含水量要低，不能使它在該低溫下遭受凍害降低芽率。
4、化學藥劑防霉
常用的化學防霉劑是磷化鋁，它水解生成的磷化氫除具有良好的殺蟲作用外，還具有很好的抑茵防霉效果。可以將滅蟲殺茵有效地結合起來，使一次投藥雙倍見效。
目前國內外還開展植物防霉的研究，我國湖南從山蒼子中提取的檸檬醛具有防霉的作用。並對黃麴黴素有去毒的效果。外國有人套用香料、調味劑、草藥等進行抑茵防霉的試驗，結果發現肉桂、丁香、大茴香對黃麴黴、雜色麴黴和棕麴黴有抑制作用。
5、氣調防霉
氣調防霉就是通過控制貯藏環境的氣體成分進行防霉，可用充氧、充二氧化碳、充氮氣等方法達到抑制微生物活動的目的。具體可以在密閉的尼龍薄膜罩內進行。該種方法種子貯藏過程中套用較少。
