異檸檬酸穿梭為在細胞質脫下的氫進入線粒體的一種方式。NADPH可以通過異檸檬酸穿梭進入呼吸鏈產生2.5ATP（有些教材為3ATP）。 線粒體內某些物質脫氫產生的NADPH可通過轉氫酶的作用把氫交給NAD+生成NADH，進入呼吸鏈，線粒體外物質脫氫產生的NADPH需要藉助異檸檬酸穿梭作用進入線粒體。在胞液里NADPH和H+與α-酮戊二酸作用生成異檸檬酸進入線粒體，異檸檬酸再與NAD+作用生成NADH和H+以及α-酮戊二酸，NADH和H+進入呼吸鏈，α-酮戊二酸進入胞液重複利用。
