16世紀伊莉莎白一世女王時期，瑪麗和謀反的貴族用密碼通信，企圖篡位；他們的陰謀活動早在警方監控之下，密信被警方截獲之後破譯出來。貴族舉兵謀反前夕被捕，死不招供，警方還是逮捕了瑪麗；瑪麗矢口否認，但其回信在法庭上成了如山鐵證。謀反的貴族被處以絞刑；瑪麗被梟首示眾，劊子手砍了三斧子，當砍下的頭顱被抓起頭髮示眾時，頭顱從假髮中脫落、掉在地上。
這是近代西方第一次破譯密碼，開啟了近現代密碼學的先河。
1586年10月15日上午，瑪麗女王走進佛斯林費堡擠滿人的法庭。由於多年囚禁與風濕病的折磨，她憔悴不堪，但她依舊高貴冷靜地展現著帝王風範，在醫生的協助下，緩緩走近位於這狹長審判室中間的御座。瑪麗以為這御座表示她贏得了應有的敬意。她錯了。這御座代表缺席的伊莉莎白女王——瑪麗的仇敵與起訴人。瑪麗被和緩地帶離御座，走到審判室另一邊的被告席上，那把猩紅色絲絨椅才是她的座位。
蘇格蘭的瑪麗女王在此接受叛逆罪的審判。她被控密謀行刺伊莉莎白女王以奪取英格蘭王位。伊莉莎白的國務大臣弗朗西斯·沃爾辛厄姆爵士已捕獲其他共犯，取得供詞，並將他們處決了。現在，他要證明瑪麗是這宗陰謀的核心人物，一樣罪當處死。
這宗叛逆陰謀是一群年輕的英格蘭天主教貴族策劃的。他們意圖除掉伊莉莎白這個新教徒，讓同為天主教徒的瑪麗取而代之。法庭認為，瑪麗顯然是這群叛匪的名義領袖，但不確定她是否承認這項罪責。事實上，瑪麗的確授意了此次行動。沃爾辛厄姆面臨的挑戰是：他必須證實瑪麗和這群叛匪之間確有關係。
審判日當天，瑪麗獨坐在被告席上。被控叛逆罪的嫌犯不得請辯護律師，也不準傳喚證人。不過，瑪麗還未身陷絕境——當初她很謹慎地用密碼與叛匪通信，她用密碼系統把信息轉換成一串無意義的符號。瑪麗相信，就算沃爾辛厄姆搜出這些信件，也讀不出什麼名堂來。這些信件的內容既然無解，也就不能成為呈堂證據。
不幸的是，沃爾辛厄姆不僅攔截到瑪麗送給叛匪的信件，還知道誰能破解這些密碼。托馬斯·菲利普是英格蘭破解密碼的第一高手。他若能破解瑪麗授意叛匪謀逆的信息，她就難逃一死了。
1542年11月24日，亨利八世於索維莫斯一役擊潰蘇格蘭大軍。亨利八世征服蘇格蘭、奪取詹姆斯五世王位的野心，眼看就要實現了。經過這場戰役，深受打擊的蘇格蘭國王身心完全崩潰，退居在福克蘭的宮殿里。就連兩周之後，女兒瑪麗的誕生，也無法使這位病怏怏的國王振作起來。他似乎就等著繼承人誕生，確定責任已了，即可平靜地離開人世。瑪麗誕生一個星期後，年僅30歲的詹姆斯五世隨即駕崩。1543年9月9日，9個月大的瑪麗在斯特靈城堡的禮拜堂接受加冕。正因瑪麗女王太過年幼，英格蘭反而暫緩侵犯蘇格蘭。亨利八世顧慮，若於此刻出兵進犯一個新王只是女嬰的國家，會被譏為沒有騎士風度。因此英格蘭國王改用懷柔政策，想安排瑪麗與他的兒子愛德華成親，藉此將蘇格蘭納入都鐸王室的統治之下。
可是，蘇格蘭拒絕了亨利八世的提議。他們寧願讓瑪麗和法國皇太子弗朗西斯締結婚約。1548年8月7日，6歲的瑪麗前往法國。16歲時，瑪麗與弗朗西斯完婚，並在1559年成為法國王后。至此事事順遂，瑪麗似乎可以意氣風發地返回蘇格蘭了。沒想到，一向孱弱的弗朗西斯病倒了。他在兒時感染的耳疾忽然惡化，發炎的部位擴散到腦部，引發膿瘡。1560年，登基未滿一年的弗朗西斯撒手塵寰，瑪麗成為寡婦。
從此，瑪麗陷入一場又一場的悲劇。1561年，她回到蘇格蘭。在接下來的兩場失敗婚姻中，瑪麗女王被卷進衰敗的旋渦。1567年，蘇格蘭的新教貴族對他們的天主教女王不再抱任何希望，於是囚禁瑪麗，強迫她讓位給14個月大的兒子詹姆斯六世。1568年，瑪麗逃出囚房，向南朝英格蘭走去，寄望於她的表姑伊莉莎白一世能提供庇護。
瑪麗做了一個可怕的錯誤判斷。伊莉莎白提供給她的不過是另一座監牢。瑪麗遭受囚禁的原因是她對伊莉莎白構成了威脅。瑪麗的祖母瑪格麗特·都鐸是亨利八世的姐姐，所以她有權繼承英格蘭王位，只不過亨利八世僅存的子嗣伊莉莎白的順位排在她之前。但是英格蘭的天主教徒認為，英格蘭的國君應該是信奉天主教的瑪麗。
1586年1月6日，被囚禁了18年的瑪麗驚愕地收到一批信。
這些信來自瑪麗的支持者，是吉爾伯特·基弗偷運進來的。基弗是天主教徒，1577年離開英格蘭，在羅馬接受神學教育。他於1585年回到英格蘭，急於為瑪麗效勞。他來到位於倫敦的法國大使館，那裡積放了一大批寄給瑪麗的書信。基弗宣稱他有辦法把這些信件偷運進囚禁瑪麗的查特里宅邸，而他也真的辦到了。這只是個開始。基弗開始擔任秘密信差，送信給瑪麗，並帶出她的回信。他用皮革把信裹起來，再把包裹藏在封塞啤酒桶的空心木塞里。釀酒商把酒送進查特里宅邸，瑪麗的僕人打開木塞，取出藏在裡面的信交給瑪麗。將信息帶出查特里宅邸也是用同樣的方法。
此時，一項營救瑪麗女王的計畫正在倫敦的一個酒館裡醞釀著。該計畫的中心人物是天主教貴族青年安東尼·貝平頓。這些謀逆分子一致認為，這項後來被稱為“貝平頓陰謀”的計畫需要瑪麗的首肯才能進行下去。問題是，他們找不到與她通信的途徑。1586年7月6日，基弗來到貝平頓的門前。他送來一封瑪麗的信，說她在巴黎的支持者提到貝平頓，她很期待貝平頓的來信。貝平頓隨即寫了一封長信，描述計畫的輪廓。
一如既往，基弗把這封信放進啤酒桶的木塞里，矇混過看守瑪麗的人。貝平頓還採取了額外的措施，把信轉換成密碼——萬一密函被瑪麗的看守人攔截，他也無法解讀內容。他所用的密碼如下圖所示。他用了23個符號來代替英文字母（不包括j、v、w），另有36個符號來代替單詞或詞組。此外，還有4個虛元（不代表任何字母，像空格一樣不具任何意義的符號），以及一個用來表示下一個符號代表兩個字母的重複符號。
雖然基弗是一個小伙子，比貝平頓還年輕，這件傳遞信息的差事卻做得從容自在、遊刃有餘。可是，每趟來回查特里宅邸的途中，他都會多拐一個彎。表面上他是瑪麗的特務，事實上他是雙面間諜。且回到1585年，基弗在回到英格蘭之前，寫了一封信給沃爾辛厄姆爵士，向他毛遂自薦。基弗意識到，他的天主教背景是打進反伊莉莎白女王密謀核心的最佳面具。
得到貝平頓與瑪麗的往來密函後，沃爾辛厄姆的第一目標就是解譯它們的內容。全然了解密碼學價值的他，曾在倫敦設立了一所密碼學校，並聘任托馬斯·菲利普當他的密碼秘書。菲利普是語言學家，通曉法語、義大利語、西班牙語、德語，而且更重要的是，他是歐洲最優秀的密碼分析家之一。寄給或出自瑪麗之手的信函，都被菲利普一一掌握。他是頻率分析法大師，破解密碼是遲早的事。
所謂頻率分析法，以英文為例，首先，我們必須分析一長篇甚至數篇普通的英文文章，以確立每個英文字母的出現頻率。據統計，英文字母中出現頻率最高的是e，接下來是t，然後是a……再來，檢視我們要處理的密碼文，也把每個字母的出現頻率整理出來。假設密碼文內出現頻率最高的字母是O，那么它很可能就是e的替身；如果密碼文內出現頻率次高的字母是X，那它可能就是t的替身；如果密碼文內出現頻率第三高的字母是P，那它可能就是a的替身。
在此情況下，我們需要一種更精細的頻率分析法，才能有把握地繼續下去，判別出這3個最常用的字母O、X、P的真實身份。我們可以把觀察焦點轉向它們跟其他字母相鄰的頻率上。例如，字母O是否出現在許多字母之前或之後？還是它只出現在某些特定的字母旁邊？這些問題的答案可以進一步告訴我們O所替代的字母是元音還是輔音。如果O所替代的字母是元音，跟它相鄰的字母應該很多；如果它所替代的是輔音，有很多字母可能沒有機會跟它相鄰。例如，字母e幾乎可以出現在任何字母的前面或後面，但字母t就不太可能與b、d、g、j、k、m、q、v相鄰。
一旦破譯出幾個字母后，密碼分析的工作就可以快速地開展下去了。
瑪麗在7月17日函復貝平頓時，實質上等於簽下了自己的死刑判決書。她於信中提到這個“計畫”，尤其希望他們在刺殺伊莉莎白時，能先派人救出她。這封信在交給貝平頓之前，依例拐了個彎，來到菲利普手上。他很快就破譯出這封信的內容。讀畢，菲利普在信上標了一個絞刑架的符號。
8月11日，瑪麗女王和她的侍從被特許在查特里宅邸的屬地騎馬。當瑪麗來到一片荒野上時，瞥見一群人騎著馬過來。她的第一個念頭是，必定是貝平頓的人來救她了。但她很快就明白，這些人是來帶她去接受審判的。
審判在10月15日開庭，現場有兩位首席法官、4位陪審人員，法務大臣、財政大臣以及沃爾辛厄姆爵士等。菲利普坐在旁聽席，靜靜看著他們呈示他從加密信函中掘出的證據。
審判延續到次日。審判結束時，瑪麗把命運交給法官。10天后，星室法庭在威斯敏斯特聚會，認定瑪麗“圖謀、構想各種能致使英格蘭女王死亡、毀滅的事件”，因此判決有罪。他們建議處以死刑。伊莉莎白一世簽署了死刑判決書。
（摘自江西人民出版社《碼書》）
