學院現有6系5所4中心（詳見學院機構一覽），以及人文學術研究中心、當代中國研究中心、高等研究中心和語言研究中心等10餘個跨學科研究機構，全國社會科學公共課教育基地、國家大學生文化素質教育基地、國家級文科科研基地——高校德育研究中心掛設在學院，學院承擔著《清華大學學報》（哲社版）、《清華大學教育研究》、《國際政治科學》、The Chinese Journal of International Politics （SSCI）等核心刊物的編輯出版任務。自2000年至2005年，學院共承擔科研項目360項，其中國家級科研項目70項，省部級項目122項，共獲得各類獎項約200餘項；發表論文2970篇，專著譯著589部。學院還積極開展國內外學術合作和交流活動，與北美、歐洲、俄羅斯、日本、韓國等國家和港澳台地區有廣泛的學術交流和合作項目，近五年共組織舉辦國際學術會議50餘次。為適應社會需求，學院設有培訓部，進行學歷、非學歷等繼續教育培訓。每年學院受國家部委、地方政府及企事業單位委託，在校內外舉辦數十期研究生課程班、高級研討班、培訓班，受教育人數在1000人以上。
