水路運輸企業營運成本是水路運輸企業為完成一定的客貨運輸周轉量、貨物裝卸量而發生的營運費用。計算對象按其業務性質可劃分為：(1) 海河船舶運輸業務的綜合成本核算以旅客運輸和貨物運輸作為成本計算對象。通常採用“千人公里” (內河旅客運輸)、“千噸公里” (內河貨物運輸)、“千人海里 (沿海或遠洋旅客運輸)”、千噸海里 (沿海或遠洋貨物運輸) 等單位計量運輸周轉量。海河船舶運輸成本項目包括船舶費用 (分列工資、提取的職工福利基金、燃料、材料、折舊費，大修理基金提存、港口費、船舶保險費、事故損失費、養河費、過閘費及其他費用等項目) 和企業管理費 (分列工資、提取的職工福利基金、辦公費、水電費、差旅費等項目)。以某一運輸業務為對象匯集的船舶費用和企業管理費用，即為該運輸業務的綜合營運總成本，以單船為對象匯集的船舶費用和應分配的企業管理費 (包括船隊管理費)，即為單船營運總成本。
(2)港口裝卸業務以貨物裝卸量為成本計算對象，其成本項目包括直接費用 (分列人工費、機械費、裝卸工具費、過駁費、庫場費、勞動保護費、事故損失費等項目) 和企業管理費。直接費用按項目匯集，加上作業區管理費，即為作業區裝卸總成本，再加上企業直接支付的裝卸支出和分配計入的企業管理費，即為裝卸總成本。
