核仁旁染色質是基因的轉錄活性顯著降低。真核生物可以改變染色體某一區域的異染色質化的程度而控制基因的表達。雌性哺乳動物細胞中的一個X染色體的失活便是高度異染色質化的結果（見劑量補償效應）。基因由於改變位置而處在異染色質區附近時，轉錄作用也會受到阻礙（見位置效應）。粉蚧科的一種介殼蟲有兩類個體，一類個體的細胞中的10個染色體都沒有異染色質化，因而都是有功能的；另一類個體細胞的10個染色體中有5個高度異染色質化，因而是沒有功能的。這就造成了和蜜蜂相似的情況，蜜蜂的二倍體是雌性的，單倍體是雄性的；在這裡則前一類個體是雌性的，而後一類個體是雄性的。
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結構
目前已知染色質有兩種類型，分別是真染色質與異染色質。兩者差異最早是以受到染色之後的顏色深度來分辨，前者較淡，而後者，也就是異染色質則較深，可見其結構較為緊密。異染色質一般分布於細胞核的邊緣地帶。
異染色質大多是由不具遺傳活性的衛星序列（satellitesequences）所構成。其中的基因皆受到不同程度抑制，有些即使在真染色質內也無法表現。在細胞周期的Sphase中，異染色質比真染色質更晚進行複製，且只在真核生物中存在，著絲粒及端粒皆屬於異染色質，雌性體內去活化的X染色體（也就是巴爾氏體）也是
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兼性異染色質(facultativeheterochromatin)是指在一定的細胞類型或一定的發育階段呈現凝集狀態的異染色質。在一定時期的特種細胞的細胞核內,原來的常染色質可轉變成兼性異染色質。如雄性個體的細胞含有一個瘦小的Y染色體和一個大的X染色體,由於X和Y染色體上很少有共同的基因,對於雄性來說,X染色體上的基因就只有一個拷貝。雖然雌性細胞有兩條X染色體,也只有一條具有轉錄活性,另外一條X染色體像異染色質一樣保持凝縮狀態,稱為巴氏小體(Barrbady)。巴氏小體的形成保證了雄性和雌性都只有一條具有活性的X染色體,合成等量的X-連鎖基因編碼的產物。
1、有高度重複順序的DNA區域稱為異染色質區,分別位於人類1、9、16和Y染色體異染色質區和每條染色體的著絲粒區〔4〕.一般認為,隨體變異、Y染色體大小差異、1、9、16號異染色質區增加或減少等均為染色體多態現象2、有高度重複順序的DNA區域,稱為異染色質區,它們分別位於人類染色體的1、9、16和Y染色體的異染色質區和每條染色體的著絲粒區。
