明萬曆四十一年(1613)進士，天啟五年(1625)，升戶部河南司主事。祟禎四年(1631)升
湖廣司郎中，五月轉任浙江右參政。分守寧紹道。所轄
海寧縣，地處杭州灣入海處，
五代時曾修“
捍海塘”，以御海潮，由於年久失修，御潮能力減返。林日瑞親自踏勘探測，帶領民眾，用3年時間修好
捍海塘。祟禎七年，調江西任參政，分守湖東道，組織整修殘破的城垣。十一年，任浙江提刑
按察使，十二年，調任廣東右布政使。十四年，升陝西左布政使。十五年夏，升任甘肅巡撫、
都察院右副都徹史。翌年十一月，
李自成部將
賀錦攻下蘭州，進遏
甘州。圍城半月，城破，榔酚巷戰中被俘，拒降。十六年十二月二十七日被磔，終年58歲。
清
順治十年(1653)，林日瑞暨夫人許氏、劉氏合葬於此。封土堆高1．5米，呈饅頭狀，向南偏西50。基體長10米，墓碑寬2米。墓碑文：“明賜進士第出身、
資政大夫、前甘肅巡撫、都察院右副都徹史，殉闖難，救贈
兵部尚書，溢忠簡，浴元林公暨配累贈恭人，浩贈夫人許氏，累封恭人浩贈夫人劉氏癸已年春吉。孝子邦壁，邦相、邦隆、邦坦、邦經、邦境，承重孫鶴雲同立。”墓保存完好，為縣級文物保護單位。林日瑞墓在
東山縣樟塘鎮古港村邊。
