1857年第二次鴉片戰爭後，法國向清政府要了一所舊衙門（即今日的兒童公園），說是要建領事署，後來領事署沒有蓋在那裡，倒辦了一個“丕崇書院”，那書院可以說是聖心書院的前身。但丕崇書院的參與者均為領事館人員，而聖心書院完全是由天主教教堂主辦。丕崇的監督是巴士高（Pascal)，這人斷斷續續有很長時期同聖心發生關係。
成立時間,首任校長,
成立時間
1904年成立廣州聖心書院，
首任校長
巴士高任監督
書院以英文班為主，修業期限六年。而法文班，修業期限四年。其畢業生，只有不經考試入廣州法國人辦的韜美醫院當醫科學生，出路很窄。而英文班畢業生則可以到海關、郵政等部門工作。因為海關、郵政的內部行文及一切簿書表冊均用英文，所有中級以上的職員，均得懂得英文，因此只有聖心書院英文班畢業的學生才有資格應考。
聖心書院的教學、人事配備十分簡單，最高負責人是一個光棍監督（即校長），沒有教務主任、總務主任等，收學費是書院最繁忙的一天，由教友、教員負責收款，監督簽發收據，便算完事。監督還管賣書和練習簿，所有外國版的教科書陳列在監督室的玻璃櫃內，學生交了學費後便向監督買書。
教員的薪水每月40元毫銀，這等於兩名學生一學期的學費，一班平均有學生40人，每學期拿出12個學生的學費支付一個教員的薪水外，每班還有28個學生的學費即560元由書院繳交教堂。每學期開始，每天收了學費後，便見校工把一箱箱的毫銀抬到了石室，送到神父住的洋樓存放。
聖心書院一貫是第一、二、三班由中國教員任教；第四、五、六班由法國籍教員任教。法國籍教員全部是神甫或修士（神甫的外語稱謂是“父親”，修士是“兄弟”，神甫比修士高一級，兩者統稱為“修道”。
