基因表達數據

基因表達數據反映的是直接或間接測量得到的基因轉錄產物 mRNA在細胞中的豐度，這些數據可以用於分析哪些基因的表達發生了改變，基因之間有何相關性，在不同條件下基因的活動是如何受影響的。它們在醫學臨床診斷、藥物療效判斷、揭示疾病發生機制等方面有重要的套用。目前，高通量檢測基因組 mRNA 豐度的方法主要是 cDNA 微陣列、寡核苷酸晶片，隨著 cDNA 微陣列和寡核苷酸晶片等高通量檢測技術的發展，我們可以從全基因組水平定量或定性檢測基因轉錄產物 mRNA。由於生物體中的細胞種類繁多，同時基因表達具有時空特異性，因此，基因表達數據與基因組數據相比，要更為複雜，數據量更大，數據的增長速度更快

基本介紹

• 中文名：基因表達數據
• 外文名：Gene expression data
• 主要方法：cDNA 微陣列、寡核苷酸晶片
• 套用：醫學臨床診斷、藥物療效判斷

基本概念

基因表達數據中蘊含著基因活動的信息，可以反映細胞當前的生理狀態，例如細胞是處於正常還是惡化狀態、藥物對腫瘤細胞是否有效等。對基因表達數據的分析可以獲取基因功能和基因表達調控信息，這是生物信息學的重大挑戰之一，也是 DNA 微陣列能夠在生物醫學領域中廣泛套用的關鍵原因之一。

特點與研究方向

特點

基因表達數據分析的對象是在不同條件下，全部或部分基因的表達數據所構成的數據矩陣。通過對該數據矩陣的分析，可以回答一些生物學問題。對這些問題的回答，結合其它生物學知識和數據有助於闡明基因的表達調控路徑和調控網路。揭示基因調控路徑和網路是生物學和生物信息學共同關注的目標，是系統生物學研究的核心內容。

研究方向

1、分析單個基因的表達水平

根據在不同實驗條件下，基因表達水平的變化，來判斷它的功能，例如，可以根據表達差異的顯著性來確定與腫瘤分型相關的特異基因。採用的分析方法有統計學中的假設檢驗等。

2、考慮基因組合

將基因分組，研究基因的共同功能、相互作用以及協同調控等。多採用聚類分析等方法。

3、嘗試推斷潛在的基因調控網路

從機理上解釋觀察到的基因表達數據。多採用反向工程的方法。