個體系統發生

個體系統發生，個體發生和系統發生遵循從非特異性免疫到特異性免疫的規律。機體出生後即出現固有免疫，適應性免疫須待出生後接觸抗原才能產生。免疫系統的進化中，最早出現的也是非特異性免疫，而淋巴細胞啟動的適應性免疫，屬免疫系統進化的高級形式。

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免疫系統的個體發生和系統發生遵循從非特異性免疫到特異性免疫的規律。機體出生後即出現固有免疫，適應性免疫須待出生後接觸抗原才能產生。免疫系統的進化中，最早出現的也是非特異性免疫，而淋巴細胞啟動的適應性免疫，屬免疫系統進化的高級形式。

吞噬細胞參與的固有免疫，在無脊椎動物的原蟲和海綿中已經出現；NK細胞和淋巴細胞行使功能則在脊椎動物出現之後；MHC再要晚一點。免疫球蛋白(1e)在脊椎動物中的進化，則先有IgM,後有其他類別。同時注意到，淋巴結的發生最遲，雖始於鳥類，但到哺乳動物才算完備。顯然，沒有淋巴結就難以大量形成生髮中心，沒有生髮中心也就沒有Ig的親和力成熟和類別轉換，因而也就談不上不同類別抗體的形成。重組激活基因(只AG)插入有頜類脊椎動物基因組之後出現適應性免疫。

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從固有免疫向適應性免疫進化的一些關鍵性事件，不是發生在無脊椎動物和脊椎動物之間，而是出現在脊椎動物的無頜類(如圓口類的八日鰻)和有頜類(如軟骨魚類的鯊魚)之間，時間大約在四億五千萬年前。期間發生了兩件事，一是出現基因組的兩次大範圍重複；二是攜帶有重組激活基因(RAG)的轉座子(transposon)插入到早期有頜類脊椎動物的基因組。後面將會提到，固有免疫與適應性免疫最重要的區別是：前者受體分子直接由胚系基因編碼，多樣性受限；後者受體分子經歷過基因重排和體細胞高頻突變(限於BCR)，由此可產生極具多樣性的TCR庫和BCR庫。由RAG基因編碼的重組酶，可以切割DNA的重組信號序列(RSS)，引起V(J)D基因重排。顯然，進化上RAG基因的插入，就了淋巴細胞受體結構的多樣性，由此產生了特異性免疫應答。可見系統發育中固有免疫與適應性免疫的分界線，在脊椎動物的無頜類和有頜類之間。