一個形似Ω的帶有3個功能區段的新型引物。
基本介紹
- 中文名：歐米茄引物
- 外文名：OmegaPrimer
omegaprimer結構什麼是OmegaPrimer（歐米茄引物）
由於形似Ω，把這種引物稱為OmegaPrimer（見右圖）。
Omega primer是由3個功能區段組成：
- 3p臂( 3p arm)是聚合酶延伸反應的啟動子。
- 5p臂(5p arm)是結合DNA模板序列的錨。
- 分隔兩臂的環（loop）：用於設計單重PCR的通用引物區。
相比於傳統引物，OmegaPrimer具有以下特點
- 大幅提升特異性——omega primer需要3p臂和5p臂同時特異結合模板（template DNA）。這種要求，相比於傳統引物，會顯著增加引物的特異性。
- 具有寬容模板變異的能力——在某些套用中，可有目的地將5p臂設計的較長，以便它能雜交相應的模板，即使該模板中存在一個錯配（例如，1個SNP）。這是一個非常有用的特性並具有實際的套用價值。如果考慮到，在擁有30億個鹼基對的人類基因組中有600萬個高等位基因頻率（> 1%）的SNPs，平均每50 bp就有1個SNP，你就會懂的。
- 大幅降低引物二聚體——可擴增的引物二聚體只在這種情況下產生：當兩個引物的3p臂相互雜交，並且至少一個引物的3’末端互補結合到另一個引物上。omega primers通常具有比常規引物（35 nt）更短的3p臂（16 nt），因而在統計學上形成可擴增的引物二聚體的機率要小的多。
- 擴增子中容納更長的真實序列——1個擴增子的測序讀段是由真實序列和引物序列兩部分組成。引物的3p臂會納入擴增子成為引物區段的一部分。由於omega primers具有比常規引物更短的3p臂，因而，由omega primers生成的擴增子中真實序列區段會占有更高的比例。
OmegaPrimer大幅提升特異性
omegaprimer提升特異性Omega primer是設計為與相應的模板雜交，形成穩定的環狀結構。在右圖中，當3p臂與模板間存在錯配時，會動搖環狀結構的穩定性，導致3p臂從模板上分離，並降低聚合酶延伸引物的機率。形象的說，環結構像是個彈簧，當3p臂與模板鏈出現個別鹼基錯配時，這個彈簧就會把3p臂彈開，聚合酶延伸反應也就無法正常進行。此外，由於3p臂較短，其自身並不具有足夠的結合模板的能力，也無法支持有效的聚合酶延伸反應。根據機率模型計算，這樣的設計使引物特異性提升超過26,000倍。
