戴維·貝克（David Baker），1962年10月6日出生於美國西雅圖，生物化學家、計算生物學家，現任華盛頓大學西雅圖分校教授、蛋白質設計研究所所長。1984年獲哈佛大學哲學與社會科學學士學位，1989年獲加利福尼亞大學伯克利分校生物化學博士學位。1993年起任職於華盛頓大學，系統開展蛋白質結構與功能預測計算方法研究。2003年成功利用胺基酸設計出全新蛋白質Top7，開創人工蛋白質設計先河。主導開發Rosetta系列軟體平台，其中RosettaFold可預測蛋白質複合體結構，RFDiffusion3模型能按功能需求生成蛋白質三維結構。其團隊設計出靶向病毒蛋白、分解谷蛋白及檢測芬太尼等功能性蛋白質，並參與開發第二代COVID-19疫苗。2000年獲霍華德·休斯醫學研究所資助，2006年當選美國國家科學院院士。2020年獲科學突破獎·生命科學獎，2024年因計算蛋白質設計貢獻被授予諾貝爾化學獎。截至2024年，發表論文640餘篇，擁有專利100餘項，聯合創立21家生物技術公司。
基本介紹
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人物經歷
早期經歷
1962年，戴維·貝克出生於美國西雅圖。大衛·貝克在哈佛大學學習的是哲學和社會科學專業。1989年獲加利福尼亞大學伯克利分校博士學位，師從2013年獲得諾貝爾獎的蘭迪·謝克曼。在加利福尼亞大學伯克利分校，戴維·貝克主要研究酵母中的蛋白質運輸和蛋白質運輸；之後，在加利福尼亞大學舊金山分校完成博士後研究。
工作經歷
1993年，戴維·貝克就職於華盛頓大學西雅圖分校醫學院的生物化學系，開始研究預測和設計蛋白質結構和功能的計算方法。1994年，貝克獲得帕卡德科學與工程獎學金，隨後又於次年獲得貝克曼基金會青年研究員獎。2003年，大衛·貝克成功利用胺基酸這一生命的基本建構單元，設計出了一種與任何其他蛋白質都不同的新蛋白質。之後，戴維·貝克的研究小組設計出了一系列富有創意的蛋白質，包括可用作藥物、疫苗、納米材料和微型感測器的蛋白質。2021年，因開發羅塞塔軟體，戴維·貝克獲得生命科學獎項，該軟體旨在設計用於治療的合成蛋白質。
2024年，《時代》雜誌將其評為全球100位最具影響力的健康人物之一。2024年10月9日，戴維·貝克和戴米斯·哈薩比斯、約翰·江珀被瑞典皇家科學院授予2024年諾貝爾化學獎，以表彰在蛋白質設計和蛋白質結構預測領域作出的貢獻。
個人生活
個人愛好
戴維·貝克在空閒時間喜歡徒步，是一個狂熱的徒步旅行者。
家庭生活
戴維·貝克父母都是華盛頓大學的教職員工。戴維·貝克妻子是華盛頓大學醫學院生物化學家、著名幹細胞生物學研究員。戴維·貝克有一兒一女，女兒叫Amanda、兒子叫Benjamin。
研究領域
戴維·貝克是華盛頓大學西雅圖分校醫學院生物化學教授、蛋白質設計研究所所長，近幾十年來一直從事蛋白質設計研究，設計出自然界中不存在的蛋白質分子，使其具有更好的功能或新穎的結構。其開發了著名的Rosetta軟體，使計算生物學取得了長足的進步。
主要成就
戴維·貝克是華盛頓大學基因組科學、生物工程、化學工程、計算機科學和物理學的兼職教授，還是美國國家科學院成員之一。發表了640多篇論文，獲得了100多項專利，並共同創立了21家生物技術公司。戴維·貝克的90名博士生和博士後實習生也繼續擔任獨立教師職位。2024年，《時代》雜誌將其評為全球100位最具影響力的健康人物之一。
研究成果
戴維·貝克花了幾十年時間使用計算方法來了解蛋白質摺疊，利用AI以驚人的速度和準確性預測蛋白質結構。2003年，戴維·貝克成功利用胺基酸這一生命的基本建構單元，設計出了一種與任何其他蛋白質都不同的新蛋白質。2021年，戴維·貝克開發羅塞塔軟體，該軟體旨在設計用於治療的合成蛋白質，使非科學家能夠解決蛋白質謎題，為癌症、阿爾茨海默氏症等研究做出了貢獻。貝克實驗室設計了新型蛋白質，例如靶向病毒和癌細胞的蛋白質；該實驗室還幫助開發了第二代COVID-19疫苗。
2025年2月，戴維·貝克團隊在《科學》（Science）發表論文，他們通過兩項AI模型的巧妙結合，得以從無到有設計能夠催化多步驟化學反應的酶，研究團隊認為，這是一種突破傳統方法限制的從頭設計酶的方法，這項研究不僅在酶設計領域取得了重大突破，而且為未來設計更多新型酶提供了新的思路和方法，將對生物催化、醫藥和工業套用產生深遠影響。
學術成果
題目 | 作者 | 時間 |
|---|---|---|
Protein interactions in human pathogens revealed through deep learning | Humphreys IR，Zhang J，Baek M， Wang Y，Krishnakumar A， Pei J，Anishchenko I，Tower CA，Jackson BA，Warrier T，Hung DT，Peterson SB，Mougous JD，Cong Q，Baker D | 2024年9月 |
Multistate and functional protein design using RoseTTAFold sequence space diffusion | Lisanza SL，Gershon JM，Tipps SWK，Sims JN，Arnoldt L，Hendel SJ，Simma MK，Liu G，Yase M，Wu H，Tharp CD，Li X，Kang A，Brackenbrough E，Bera AK， Gerben S，Wittmann BJ，McShan AC，Baker D | 2024年9月 |
Designed endocytosis-inducing proteins degrade targets and amplify signals | Huang B, Abedi M，Ahn G，Coventry B，Sappington I，Tang C, Wang R，Schlichthaerle T，Zhang JZ，Wang Y，Goreshnik I，Chiu CW，Chazin-Gray A，Chan S，Gerben S，Murray A，Wang S， O'Neill J，Yi L，Yeh R，Misquith A，Wolf A，Tomasovic LM，Piraner DI，Duran Gonzalez MJ，Bennett NR，Venkatesh P，Ahlrichs M，Dobbins C，Yang W，Wang X，Sahtoe DD，Vafeados D，Mout R，Shivaei S，Cao L，Carter L，Stewart L，Spangler JB，Roybal KT，Greisen PJ，Li X，Bernardes GJL，Bertozzi CR，Baker D | 2024年9月 |
Enumerative Discovery of Noncanonical Polypeptide Secondary Structures | Moyer AP，Ramelot TA，Curti M，Eastman MA，Kang A，Bera AK，Tejero R，Salveson PJ，Curutchet C，Romero E，Montelione GT，Baker D | 2024年9月 |
Massively parallel measurement of protein-protein interactions by sequencing using MP3-seq | Baryshev A，La Fleur A，Groves B，Michel C，Baker D，Ljubetič A，Seelig G | 2024年8月 |
De novo design of miniprotein antagonists of cytokine storm inducers | Huang B，Coventry B，Borowska MT，Arhontoulis DC，Exposit M，Abedi M，Jude KM，Halabiya SF，Allen A，Cordray C，Goreshnik I，Ahlrichs M，Chan S，Tunggal H，DeWitt M，Hyams N，Carter L，Stewart L，Fuller DH，Mei Y，Garcia KC，Baker D | 2024年8月 |
De novo design of buttressed loops for sculpting protein functions | Jiang H，Jude KM，Wu K，Fallas J，Ueda G，Brunette TJ，Hicks DR，Pyles H，Yang A，Carter L，Lamb M，Li X，Levine PM，Stewart L，Garcia KC，Baker D | 2024年5月 |
Design of amyloidogenic peptide traps | ahtoe DD，Andrzejewska EA，Han HL，Rennella E，Schneider MM，Meisl G，Ahlrichs M，Decarreau J，Nguyen H，Kang A，Levine P，Lamb M，Li X，Bera AK，Kay LE，Knowles TPJ，Baker D | 2024年8月 |
De novo design of proteins housing excitonically coupled chlorophyll special pairs | Ennist NM，Wang S，Kennedy MA，Curti M，Sutherland GA，Vasilev C，Redler RL，Maffeis V，Shareef S，Sica AV，Hua AS，Deshmukh AP，Moyer AP，Hicks DR，Swartz AZ，Cacho RA，Novy N，Bera AK，Kang A，Sankaran B，Johnson MP，Phadkule A，Reppert M，Ekiert D，Bhabha G，Stewart L，Caram JR，Stoddard BL，Romero E，Hunter CN，Baker D | 2024年6月 |
Computational Design of Cyclic Peptide Inhibitors of a Bacterial Membrane Lipoprotein Peptidase | Craven TW，Nolan MD，Bailey J，Olatunji S，Bann SJ，Bowen K，Ostrovitsa N，Da Costa TM，Ballantine RD，Weichert D，Levine PM，Stewart LJ，Bhardwaj G，Geoghegan JA，Cochrane SA，Scanlan EM，Caffrey M，Baker D | 2024年5月 |
Improving Protein Expression, Stability, and Function with ProteinMPNN | Sumida KH，Núñez-Franco R，Kalvet I，Pellock SJ，Wicky BIM，Milles LF，Dauparas J，Wang J，Kipnis Y，Jameson N，Kang A，De La Cruz J，Sankaran B, Bera AK，Jiménez-Osés G，Baker D | 2024年1月 |
Design of cell-type-specific hyperstable IL-4 mimetics via modular de novo scaffolds | Yang H，Ulge UY，Quijano-Rubio A，Bernstein ZJ，Maestas DR，Chun JH，Wang W，Lin JX，Jude KM，Singh S，Orcutt-Jahns BT，Li P，Mou J，Chung L，Kuo YH，Ali YH，Meyer AS，Grayson WL，Heller NM，Garcia KC，Leonard WJ，Silva DA，Elisseeff JH，Baker D，Spangler JB | 2023年9月 |
獲獎記錄
科學類
諾貝爾化學獎
獲獎
Nadrian C. Seeman 納米科學獎
獲獎
計算與工程學會國際納米科學
獲獎
Wiley 生物醫學科學獎
獲獎
BBVA 基金會生物醫學知識前沿獎
獲獎
