基本介紹
- 中文名：DNA條形碼分子鑑定
DNA條形碼分子鑑定法是利用基因組中一段公認的、相對較短的DNA序列來進行物種鑑定的一種分子生物學技術，是傳統形態鑑別方法的有效補充。由於不同物種的DNA序列是由腺嘌呤（A）、鳥嘌呤（G）、胞嘧啶（C）、胸腺嘧啶（T）四種鹼基以不同順序排列組成，因此對某一特定DNA片段序列進行分析即能夠區分不同物種。[1]
DNA條形碼分子鑑定常用方法和相關信息
- ITS2
ITS（internal transcribed spacer of nuclear ribosomal DNA）為內轉錄間隔區，是核糖體RNA（rRNA）基因非轉錄區的一部分。ITS位於18S rRNA基因和28S rRNA基因之間,中部被5.8S rRNA基因一分為二，即ITS1(the first internal transcribed spacer)區和ITS2(the second internal transcribed spacer)區。5.8S、18S和28S進化速率較慢，常用於探討科級和科級以上等級的系統發育問題。而間隔區ITS(包括ITS1和ITS2)進化速率較快，一般用於研究屬間、種間甚至居群間等較低分類等級的系統關係。
- psbA-trnH
psbA-trnH基因間區是位於葉綠體基因psbA基因和trnH基因之間的一段非編碼區，該間區進化速率較快，常用於植物屬間、種間的系統發育研究。
- COI
COI為線粒體基因組的蛋白質編碼基因，全稱為細胞色素c氧化酶亞基I (cytochrome c oxidase subunit I)，由於該基因進化速率較快，常用於分析親緣關係密切的種、亞種及地理種群之間的系統關係。
- BLAST
Basic Local Alignment Search Tool，即基於局部序列比對，並對資料庫進行快速搜尋的工具，其特點是僅搜尋序列之間高度相似區域，精確且快速，是目前套用最廣泛的序列相似性搜尋工具之一。
- 序列相似性
指序列比對過程中查詢序列和目標序列之間相同或相似核苷酸或胺基酸殘基占全部比對核苷酸或胺基酸殘基的百分比。
