DNA拓撲學

DNA拓撲學是一個專業術語。

基本介紹

  • 中文名:DNA拓撲學
  • 外文名:DNA拓撲學
  • 比連環差:σ = L - T / T
  • 連環數:右手螺旋正、左手螺旋負
名稱來源,DNA拓撲學參數,

名稱來源

首先以一260 bp雙鏈線形B-DNA為例,此DNA在鬆弛時,螺旋數為25(260/10.4),首尾連線成環形後,為一鬆弛環形DNA,並處於最穩定狀態。若將此線形DNA先擰松2個連環再連成環形,則可以形成兩種環形DNA,一種稱為鬆弛解鏈環形DNA;另一種環形DNA稱為超螺旋DNA,其螺旋周數為25,有2個負超螺旋。由此引入拓撲學參數。

DNA拓撲學參數

1.連環數(Linking number):在雙螺旋DNA中,一條鏈以右手螺旋繞另一條鏈纏繞的次數,以L 表示(或以α表示),其計數方法為處於鬆弛環形DNA時的螺旋周數,肯定為整數,右手螺旋為正、左手螺旋為負。
2.纏繞數(Twisting number):即DNA分子中的Watson-Crick螺旋周數,以T 表示(或以β表示),其數值可直接在處於最穩定狀態下的雙鏈環形(或超螺旋形式)DNA中的實際螺旋周數計數得到,不一定是整數,右手螺旋為正,左手螺旋為負。但必須注意T僅針對於形成雙螺旋區域而言,解鏈部分的bp數就不涉及T的計算。對於一定長度的DNA雙鏈,一旦出現解鏈T值就減少。如260bp B-DNA雙鏈自然狀態下T=25,解鏈20%時的T=20 。
3.超螺旋數 或 紐數(Writhing number):其數值有公式L=T+W 計算得到,以W表示(或以τ表示),不一定為整數。左手超螺旋為正,右手超螺旋為負(此點解釋見後)。
4.比連環差:為雙鏈DNA的超螺旋密度。用σ表示,由公式σ = L - T / T得到,或以σ = α - β /β 表示。
拓撲異構酶Ⅱ拓撲異構酶Ⅱ

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