黑短鰭擬飛魚體延長，略側扁。吻鈍短。
口開於前端，上下頜約略等長；兩頜有齒，齒細小；齶骨有齒。鼻孔兩對，大形，近於眼前。鰓裂寬，鰓膜在喉峽部游離；鰓耙數6-817-19=23-26。鰾大，向後延長；腸簡單，無幽門及盲囊。體被圓鱗，大而薄，易脫落；頭部多少被鱗；側線甚低，近腹緣，在胸部有向胸鰭基部延伸之分枝，具鱗43-51；背前鱗16-20；側線上鱗5-6。背鰭無棘，位於體之後部，具軟條11-13，鰭膜上緣具黑色斑；臀鰭起點位於背鰭起點之下方或略後，具軟條13-14；胸鰭較一般飛魚為短，末端到背鰭之前部，第1鰭條不分歧，一致透明無色；腹鰭位於體之中央，其末端達臀鰭基底起點；尾鰭發達，深開叉，下葉較長。脊椎骨數40-41。生鮮時雄魚之腹面、腹鰭及尾鰭下葉呈紫紅色，而雌魚則無。幼魚有一對短黑須。
