清光緒七年（1881），美國衛理公會赫懷仁醫師從九江來南京行醫傳道。在南京創辦有匯文女中、國小、醫院診療所、兒童福利社、婦女浴室和婦女縫紉班，還和其他教派合辦有金陵大學、金陵女子文理學院、金陵神學院和金陵女子神學院。
1941年，南京教區總堂和分堂有10餘處，以估衣廊的城中會堂規模最大，華中年議會和南京教區均設於城中會堂內，第一任華人牧師聶承益。
珍珠港事件爆發後，在南京的美籍傳教士被日軍囚入上海集中營，衛理公會活動停止。
抗日戰爭勝利後恢復活動，男女信徒約1500餘人。
1950年，參加南京基督教各派的三自（自治、自養、自傳）革新運動。
1959年春，所屬6個教堂實行聯合禮拜，衛理公會停止活動。
