《蛋白質結構預測——支持向量機的套用》是2008年科學出版社出版的圖書，作者是孫向東、劉擁軍、黃保續、謝仲倫。
基本介紹
- 書名：蛋白質結構預測——支持向量機的套用
- 作者：孫向東、劉擁軍、黃保續、謝仲倫
- ISBN：978-7-03-022387-6
- 頁數：203
- 定價：50.00
- 出版社：科學出版社
- 出版時間：2008年9月
- 裝幀：平裝
- 開本：B5
- 字數：251千字
內容簡介,目錄,
內容簡介
統計學習理論是20世紀90年代逐漸成熟的機器學習理論，以這種理論為基礎的支持向量機與以往的學習機器相比具有支持小樣本、不會陷入局部勢井、魯棒性好以及運算成本低等優勢。實現這種理論的支持向量機算法已經成為機器學習和知識挖掘的標準工具。
自從2001年支持向量機被首次用於蛋白質二級結構的預測以來，這種算法發展到蛋白質的結構類型、亞細胞結構和膜蛋白的結構等領域的預測中。本書詳細介紹了依據統計學習理論構建支持向量機的方法、各種相關軟體原理和使用方法，並以二級結構和結構域為例介紹了以支持向量機為工具預測蛋白質結構的方法.書中使用了大量的原創性實驗結果，理論聯繫實際，詳細闡述了以支持向量機為工具預測蛋白質結構的全過程。
本書適合從事蛋白質結構基礎研究的學生和科技工作者閱讀。
自從2001年支持向量機被首次用於蛋白質二級結構的預測以來，這種算法發展到蛋白質的結構類型、亞細胞結構和膜蛋白的結構等領域的預測中。本書詳細介紹了依據統計學習理論構建支持向量機的方法、各種相關軟體原理和使用方法，並以二級結構和結構域為例介紹了以支持向量機為工具預測蛋白質結構的方法.書中使用了大量的原創性實驗結果，理論聯繫實際，詳細闡述了以支持向量機為工具預測蛋白質結構的全過程。
本書適合從事蛋白質結構基礎研究的學生和科技工作者閱讀。
目錄
前言
第1章 蛋白質結構預測概述
1.1 蛋白質預測基本方法簡介
1.2 蛋白質二級結構和結構域預測方法簡介
第2章 相關知識背景
2.1 生物信息學
2.1.1 生物信息學的定義、目的、內容和發展趨勢
2.1.2 基因組學
2.1.3 蛋白質組學
2.1.4 資料庫
2.2 蛋白質序列、結構與功能的關係
2.3 機器學習
2.3.1 機器學習的定義和特點
第1章 蛋白質結構預測概述
1.1 蛋白質預測基本方法簡介
1.2 蛋白質二級結構和結構域預測方法簡介
第2章 相關知識背景
2.1 生物信息學
2.1.1 生物信息學的定義、目的、內容和發展趨勢
2.1.2 基因組學
2.1.3 蛋白質組學
2.1.4 資料庫
2.2 蛋白質序列、結構與功能的關係
2.3 機器學習
2.3.1 機器學習的定義和特點
2.3.2 基本的機器學習模型
2.3.3 機器學習方法分類
2.3.4 套用於生物信息學領域的機器學習方法
第3章 統計學習理論
3.1 學習問題的表示方法
3.1.1 概述
3.1.2 學習問題的一般表示
3.1.3 學習問題的模型
3.1.4 經驗風險最小化原則
3.1.5 複雜性和推廣能力
3.1.6 模式識別問題
3.2 統計學習理論的四個部分
3.2.1 學習過程的一致性
3.2.2 學習過程收斂速度的界
3.2.3 控制學習過程推廣能力的理論
第4章 構造支持向量機
4.1 最佳化理論
4.1.1 問題公式化
4.1.2 拉格朗日理論
4.1.3 KKT理論
4.2 支持向量機
4.2.1 支持向量機基本原理簡介
4.2.2 線性分類
4.2.3 非線性分類
4.2.4 多重分類
第5章 套用於支持向量機的主要算法
5.1 支持向量機算法中目前的研究狀況
5.2 分解算法
5.3 順序最小最佳化算法
5.3.1 順序最小最佳化算法的原理
5.3.2 兩個拉格朗日乘子的最佳化問題
5.3.3 選擇待最佳化拉格朗日乘子的啟發式方法
5.3.4 每次最小最佳化後的重置工作
5.3.5 順序最小最佳化算法的特點和優勢
第6章 Libsvm簡介
6.1 公式
6.1.1 C一支持向量分類（二元）
6.1.2 支持向量分類（二元）
6.2 二次規劃問題的解決
6.2.1 C-SVC的分解算法
6.2.2 工作集的選擇和停止循環的標準
6.2.3 支持向量分類的分解方法
6.2.4 解析解法
6.2.5 6和p的計算
6.3 壓縮和快取
6.3.1 壓縮
6.3.2 快取
6.4 多元分類
6.5 非平衡數據集
6.6 模型的選擇
6.7 預測蛋白質結構中運用Libsvm的基本操作方法
第7章 蛋白質二級結構預測
7.1 蛋白質結構
7.1.1 蛋白質的一級結構
7.1.2 蛋白質的二級結構特徵
2.3.3 機器學習方法分類
2.3.4 套用於生物信息學領域的機器學習方法
第3章 統計學習理論
3.1 學習問題的表示方法
3.1.1 概述
3.1.2 學習問題的一般表示
3.1.3 學習問題的模型
3.1.4 經驗風險最小化原則
3.1.5 複雜性和推廣能力
3.1.6 模式識別問題
3.2 統計學習理論的四個部分
3.2.1 學習過程的一致性
3.2.2 學習過程收斂速度的界
3.2.3 控制學習過程推廣能力的理論
第4章 構造支持向量機
4.1 最佳化理論
4.1.1 問題公式化
4.1.2 拉格朗日理論
4.1.3 KKT理論
4.2 支持向量機
4.2.1 支持向量機基本原理簡介
4.2.2 線性分類
4.2.3 非線性分類
4.2.4 多重分類
第5章 套用於支持向量機的主要算法
5.1 支持向量機算法中目前的研究狀況
5.2 分解算法
5.3 順序最小最佳化算法
5.3.1 順序最小最佳化算法的原理
5.3.2 兩個拉格朗日乘子的最佳化問題
5.3.3 選擇待最佳化拉格朗日乘子的啟發式方法
5.3.4 每次最小最佳化後的重置工作
5.3.5 順序最小最佳化算法的特點和優勢
第6章 Libsvm簡介
6.1 公式
6.1.1 C一支持向量分類（二元）
6.1.2 支持向量分類（二元）
6.2 二次規劃問題的解決
6.2.1 C-SVC的分解算法
6.2.2 工作集的選擇和停止循環的標準
6.2.3 支持向量分類的分解方法
6.2.4 解析解法
6.2.5 6和p的計算
6.3 壓縮和快取
6.3.1 壓縮
6.3.2 快取
6.4 多元分類
6.5 非平衡數據集
6.6 模型的選擇
6.7 預測蛋白質結構中運用Libsvm的基本操作方法
第7章 蛋白質二級結構預測
7.1 蛋白質結構
7.1.1 蛋白質的一級結構
7.1.2 蛋白質的二級結構特徵
7.1.3 蛋白質結構域、三級結構與四級結構
7.2 蛋白質二級結構定義
7.2.1 DSSP資料庫中的蛋白質二級結構特徵識別
7.2.2 蛋白質二級結構鑑別方法
7.2.3 DEFINE算法對於蛋白質二級結構的定義
7.2.4 P.Cruve方法
7.3 蛋白質二級結構預測
7.3.1 概述
7.3.2 樣本集的選擇
7.3.3 二級結構規類方法
7.3.4 運用支持向量機進行蛋白質結構預測的樣本提取方法與編碼規則
7.3.5 二級結構預測準確率評估方法
7.3.6 蛋白質二級結構預測結果
第8章 蛋白質摺疊類型的預測
8.1 簡介
8.2 蛋白質結構域數據
8.2.1 DALI算法和FSSP資料庫——距離矩陣比對的蛋白質結構比較
8.2.2 CATH蛋白質結構域資料庫
8.2.3 SCOP資料庫
8.2.4 SCOP、CATH和FSSP的關係
8.3 蛋白質結構域的支持向量機預測方法
8.3.1 蛋白質結構域預測中的樣本集選擇
8.3.2 編碼方法
8.3.3 拓撲預測準確率的評估方法
8.3.4 分類器設計與軟體使用方法
8.3.5 結果與分析
8.4 小結
8.4.1 結論
8.4.2 討論
參考文獻
附表1 Rsl26數據集
附表2 cB513數據集
附表3 蛋白質結構域拓撲層預測樣本集
附表4 蛋白質結構域同源超族層預測樣本集
附表5 蛋白質結構域序列家族層樣本集
7.2 蛋白質二級結構定義
7.2.1 DSSP資料庫中的蛋白質二級結構特徵識別
7.2.2 蛋白質二級結構鑑別方法
7.2.3 DEFINE算法對於蛋白質二級結構的定義
7.2.4 P.Cruve方法
7.3 蛋白質二級結構預測
7.3.1 概述
7.3.2 樣本集的選擇
7.3.3 二級結構規類方法
7.3.4 運用支持向量機進行蛋白質結構預測的樣本提取方法與編碼規則
7.3.5 二級結構預測準確率評估方法
7.3.6 蛋白質二級結構預測結果
第8章 蛋白質摺疊類型的預測
8.1 簡介
8.2 蛋白質結構域數據
8.2.1 DALI算法和FSSP資料庫——距離矩陣比對的蛋白質結構比較
8.2.2 CATH蛋白質結構域資料庫
8.2.3 SCOP資料庫
8.2.4 SCOP、CATH和FSSP的關係
8.3 蛋白質結構域的支持向量機預測方法
8.3.1 蛋白質結構域預測中的樣本集選擇
8.3.2 編碼方法
8.3.3 拓撲預測準確率的評估方法
8.3.4 分類器設計與軟體使用方法
8.3.5 結果與分析
8.4 小結
8.4.1 結論
8.4.2 討論
參考文獻
附表1 Rsl26數據集
附表2 cB513數據集
附表3 蛋白質結構域拓撲層預測樣本集
附表4 蛋白質結構域同源超族層預測樣本集
附表5 蛋白質結構域序列家族層樣本集
