作者從系統生物學的概念入手，將系統生物學作為一個有機的整體重點介紹了系統生物學中所涉及的技術和方法，從儀器設備、主要生物組分（核酸、蛋白質和代謝物）的分析技術、計算和建模、對系統生物學的整體理解，以及系統生物學研究的管理等幾個方面進行了精煉介紹。
基本介紹
- 書名：系統生物學方法
- 出版社：科學出版社
- 頁數：715頁
- 開本：B5
- 品牌：科學出版社
- 作者：詹姆森 (Daniel Jameson) 魏瑪
- 出版日期：2013年3月1日
- 語種：簡體中文
- ISBN：7030369300
基本介紹,內容簡介,作者簡介,圖書目錄,
基本介紹
內容簡介
作者從系統生物學的概念入手,將系統生物學作為一個有機的整體重點介紹了系統生物學中所涉及的技術和方法,從儀器設備、主要生物組分(核酸、蛋白質和代謝物)的分析技術、計算和建模、對系統生物學的整體理解,以及系統生物學研究的管理等幾個方面進行了精煉介紹。
本書適合作為研究生課程的教科書或參考書,對於從事基礎醫學和臨床醫學、高通量生物學、生物信息學及生物系統集成的教學和科研人員均有重要的參考價值。
本書適合作為研究生課程的教科書或參考書,對於從事基礎醫學和臨床醫學、高通量生物學、生物信息學及生物系統集成的教學和科研人員均有重要的參考價值。
作者簡介
作者:(美)Daniel Jameson等
圖書目錄
系統生物學關鍵技術方法的全面介紹
前言
第一部分 系統生物學基本概念
第一章 系統生物學的基本定義：系統與整合
Hans V.Westerhoff
1.系統生物學的基本定義
2.體內試驗和體外實驗整合的重要性
3.系統生物學的其他定義
4.不同類型的系統生物學
致謝
參考文獻
第二部分 系統生物學中的關鍵儀器設備
第二章 質譜在系統生物學中的套用簡介
Warwick B.Dunn
1.簡介
2.什麼是質譜？
3.質譜儀的基本組成
4.質譜儀的優點
5.質譜在系統生物學中的套用
致謝
參考文獻
第三章 基於細胞陣列和螢光壽命成像顯微鏡的原位高通量蛋白質翻譯後修飾定量分析
Hernan E.Grecco,Pedro Rada—Navarro,Sven Fengler,and Philippe I.H.Bastiaens
1.簡介
2.方法
3.結果和討論
4.結論：為什麼使用基於細胞陣列和螢光壽命成像顯微鏡的技術（CA—FLIM）？
參考文獻
第四章 基於分光光度儀的吸收光譜分析
Sanjay M.Nilapwar, Maria Nardelli,Hans V.Westerhoff,and Malkhey Verma
1.簡介
2.分光光度分析的原理
3.硬體
4.紫外—可見光譜分析的套用
5.展望
致謝
參考文獻
第三部分 系統生物學中的核酸研究
第五章 一種用於RNA測序的鏈特異性RNA庫製備的標準流程
Tatiana Borodina,James Adjaye,and Marc Sultan
1.簡介
2.單鏈RNA測序的標準流程
參考文獻
第六章 基於實時定量PCR的基因表達分析
J.Jozefczuk and James Adjaye
1.簡介
2.引物設計
3.引物驗證
4.從培養的細胞中分離和定量RNA
5.反轉錄
參考文獻
第四部分 系統生物學中的蛋白質製備和定量
第七章 採用QconCAT技術進行蛋白質定量及修飾分析
Kathleen M.Carroll, Francesco Lanucara,and Claire E.Eyers
1.簡介
2.表達和純化QconCAT蛋白質
3.待分析樣品的準備
4.質譜分析
5.蛋白質翻譯後修飾定量
6.實驗重複—生物學重複以及技術重複
7.總結和綜合考慮
參考文獻
第八章 基於SILAC技術的定量蛋白質組技術
Francesco Lanucara and Claire E.Eyers
1.簡介
2.什麼是SILAC技術
3.SILAC的常規操作流程
4.套用
5.結論
參考文獻
第九章 基於核酸編程的蛋白質晶片製備技術（NAPPA）：一個切合時宜的蛋白質表達和純化系統
Ji Qiu and Joshua LaBaer
1.簡介
2.NAPPA技術的基本原理
3.蛋白質晶片的製備
4.蛋白質表達的檢測
致謝
參考文獻
第十章 採用巨大芽孢桿菌進行重組蛋白質製備的系統生物學
Rebekka Biedendieck, Claudia Borgmeier, Boyke Bunk, Simon Stammen,Christian Scherling,Friedhelm Meinhardt,Christoph Wittmann，andDieter Jahn
1.簡介
2.巨大芽孢桿菌的操作
3.巨大芽孢桿菌系統生物學
致謝
參考文獻
第十一章 採用釀酒酵母系統表達蛋白質以用於系統生物學研究
Naglis Malys,Jill A.Wishart,Stephen G.Oliver,and John E.G.McCar—thy
1.簡介
2.常用表達系統的比較
3.用於在釀酒酵母中製備蛋白質的各類表達庫
4.採用帶親和肽的釀酒酵母蛋白質表達庫進行蛋白質表達和純化的標準流程
5.蛋白質分析和定量
6.蛋白質組分析和酶動力學分析中所涉及的蛋白質
7.結語
致謝
參考文獻
第五部分 系統生物學研究中的酶學分析
第十二章 酵母代謝的接近完全定量分析：在近似體內狀態下估計同工酶動力學常數的一種系統性策略
Hanan L.Messiha,Naglis Malys,and Kathleen M.Carroll
1.簡介
2.系統生物學中的酶動力學
3.同工酶的製備和純化
4.酶學分析的常規流程
5.釀酒酵母糖酵解同工酶活力測定的方法
6.結論
致謝
參考文獻
第十三章 系統生物學中的酶動力學：何時、為何以及如何
Malgorzata Adamczyk,Karen van Eunen, Barbara M.Bakker，and Hans V.Westerhoff
1.系統生物學中的酶動力學：五個需要考慮的重要因素
2.三種使用不同酶動力學的系統生物學研究策略
3.生物材料
4.操作流程
5.展望
致謝
參考文獻
……
第六部分 代謝研究中的樣品製備
第七部分 系統生物學中的數學建模
第八部分 理解系統生物學
第九部分 系統生物學實驗數據、模型以及研究本身的管理
作者索引
主題索引
前言
第一部分 系統生物學基本概念
第一章 系統生物學的基本定義：系統與整合
Hans V.Westerhoff
1.系統生物學的基本定義
2.體內試驗和體外實驗整合的重要性
3.系統生物學的其他定義
4.不同類型的系統生物學
致謝
參考文獻
第二部分 系統生物學中的關鍵儀器設備
第二章 質譜在系統生物學中的套用簡介
Warwick B.Dunn
1.簡介
2.什麼是質譜？
3.質譜儀的基本組成
4.質譜儀的優點
5.質譜在系統生物學中的套用
致謝
參考文獻
第三章 基於細胞陣列和螢光壽命成像顯微鏡的原位高通量蛋白質翻譯後修飾定量分析
Hernan E.Grecco,Pedro Rada—Navarro,Sven Fengler,and Philippe I.H.Bastiaens
1.簡介
2.方法
3.結果和討論
4.結論：為什麼使用基於細胞陣列和螢光壽命成像顯微鏡的技術（CA—FLIM）？
參考文獻
第四章 基於分光光度儀的吸收光譜分析
Sanjay M.Nilapwar, Maria Nardelli,Hans V.Westerhoff,and Malkhey Verma
1.簡介
2.分光光度分析的原理
3.硬體
4.紫外—可見光譜分析的套用
5.展望
致謝
參考文獻
第三部分 系統生物學中的核酸研究
第五章 一種用於RNA測序的鏈特異性RNA庫製備的標準流程
Tatiana Borodina,James Adjaye,and Marc Sultan
1.簡介
2.單鏈RNA測序的標準流程
參考文獻
第六章 基於實時定量PCR的基因表達分析
J.Jozefczuk and James Adjaye
1.簡介
2.引物設計
3.引物驗證
4.從培養的細胞中分離和定量RNA
5.反轉錄
參考文獻
第四部分 系統生物學中的蛋白質製備和定量
第七章 採用QconCAT技術進行蛋白質定量及修飾分析
Kathleen M.Carroll, Francesco Lanucara,and Claire E.Eyers
1.簡介
2.表達和純化QconCAT蛋白質
3.待分析樣品的準備
4.質譜分析
5.蛋白質翻譯後修飾定量
6.實驗重複—生物學重複以及技術重複
7.總結和綜合考慮
參考文獻
第八章 基於SILAC技術的定量蛋白質組技術
Francesco Lanucara and Claire E.Eyers
1.簡介
2.什麼是SILAC技術
3.SILAC的常規操作流程
4.套用
5.結論
參考文獻
第九章 基於核酸編程的蛋白質晶片製備技術（NAPPA）：一個切合時宜的蛋白質表達和純化系統
Ji Qiu and Joshua LaBaer
1.簡介
2.NAPPA技術的基本原理
3.蛋白質晶片的製備
4.蛋白質表達的檢測
致謝
參考文獻
第十章 採用巨大芽孢桿菌進行重組蛋白質製備的系統生物學
Rebekka Biedendieck, Claudia Borgmeier, Boyke Bunk, Simon Stammen,Christian Scherling,Friedhelm Meinhardt,Christoph Wittmann，andDieter Jahn
1.簡介
2.巨大芽孢桿菌的操作
3.巨大芽孢桿菌系統生物學
致謝
參考文獻
第十一章 採用釀酒酵母系統表達蛋白質以用於系統生物學研究
Naglis Malys,Jill A.Wishart,Stephen G.Oliver,and John E.G.McCar—thy
1.簡介
2.常用表達系統的比較
3.用於在釀酒酵母中製備蛋白質的各類表達庫
4.採用帶親和肽的釀酒酵母蛋白質表達庫進行蛋白質表達和純化的標準流程
5.蛋白質分析和定量
6.蛋白質組分析和酶動力學分析中所涉及的蛋白質
7.結語
致謝
參考文獻
第五部分 系統生物學研究中的酶學分析
第十二章 酵母代謝的接近完全定量分析：在近似體內狀態下估計同工酶動力學常數的一種系統性策略
Hanan L.Messiha,Naglis Malys,and Kathleen M.Carroll
1.簡介
2.系統生物學中的酶動力學
3.同工酶的製備和純化
4.酶學分析的常規流程
5.釀酒酵母糖酵解同工酶活力測定的方法
6.結論
致謝
參考文獻
第十三章 系統生物學中的酶動力學：何時、為何以及如何
Malgorzata Adamczyk,Karen van Eunen, Barbara M.Bakker，and Hans V.Westerhoff
1.系統生物學中的酶動力學：五個需要考慮的重要因素
2.三種使用不同酶動力學的系統生物學研究策略
3.生物材料
4.操作流程
5.展望
致謝
參考文獻
……
第六部分 代謝研究中的樣品製備
第七部分 系統生物學中的數學建模
第八部分 理解系統生物學
第九部分 系統生物學實驗數據、模型以及研究本身的管理
作者索引
主題索引
