稅控專用發票，即增值稅專用發票防偽稅控系統是根據增值稅的徵收特點，運用電子密碼、稅控黑匣子和IC卡技術，解決增值稅專用發票的防偽和增值稅稅源控制問題，是“金稅工程”的重要組成部分。
具體操作方法是：銷貨方利用該系統（通過計算機）開具專用發票，一方面系統將根據開票的金額、稅額、購銷雙方稅務登記號等信息形成一套密碼並列印在專用發票的左上角，另一方面系統將開票請寬記錄到黑匣子中以便稅務機關掌握企業稅源；對於企業取得的專用發票抵扣聯，稅務機關將通過防偽稅控系統檢驗其密碼與票面內容是否符合，然後判斷其是否真實。
為了加強增值稅專用發票的使用管理和控制增值稅稅源，1994年下半年，國家稅務總局在遼寧省鞍山市、江蘇省鎮江市、廣東省珠海市選擇部分企業進行專用發票增值稅防偽稅控系統的試點，全國取消百萬元版、千萬元版專用發票，凡一次開票銷售額達到百萬元以上的，均納入增值稅專用發票防偽稅控系統，利用該系統開具電腦專用發票。通過該系統開具的專用發票具有兩個特徵：一是在專用發票的左上角列印60位電子密碼，同時在右上角列印該份專用發票號碼，與專用發票原有號碼相同；二是企業如發生退貨或銷售折讓，需開具紅字專用發票的，改為開具負數專用發票：在專用發票
右上角列印“銷項負數”字樣，在用阿拉伯數字填寫的金額、稅額前列印“一”號，在價稅（大寫）前列印“（負數）”字樣。
