根據《中共汕頭市澄海區委、汕頭市澄海區人民政府關於印發〈澄海區人民政府機構改革方案〉的通知》（澄委發[2010]17號），設定汕頭市澄海區水務局，為區政府工作部門。
主要職責,內設機構,
主要職責
一、貫徹執行國家有關水行政和“三防”工作的方針、政策和法律、法規。
二、擬訂全區水務發展規劃、中長期規劃和年度計畫、主要江河綜合規劃和有關專業規劃，並組織實施。
三、統一管理水資源（含空中水、地表水、地下水）；負責編制全區水中長期供求計畫、水量分配方案並組織實施；組織有關國民經濟總體規劃、城市規劃及重大建設項目的水資源和防洪潮的論證工作；組織實施取水許可制度，依法依規負責對水資源費、水土保持費、水費及過閘船費的徵收工作。
四、擬訂節約用水政策，編制節約用水規劃，制定有關標準，主管和監督節約用水工作。
五、擬訂水資源保護規劃並實施監督管理；負責水功能區的劃分和向飲水區等水域排污的控制；監測江河、水庫的水量、水質；審定水域納污能力；提出限制排污總量的意見。
六、負責水務行業的經濟調節；指導水務行業的供水、水電及多種經營工作。
七、組織、指導農村水利工作。協調、指導農村飲水安全、節水灌溉、灌區改造、內澇整治、機電排灌等工程建設與管理工作。
八、負責制定水土保持的工程措施規劃和監督工作。
九、組織、指導水務設施、江河水域及其岸線的管理與保護；負責江河、灘涂的綜合整治、開發與管理。
十、負責重大涉水違法案件的查處，組織指導水政監察和水行政執法；協調並仲裁部門間的水事糾紛。組織、指導水利水電工程建設監督和安全生產監管。
十一、負責全區水務信息化建設的組織協調和水務系統的科技、教育和對外經濟、技術合作與交流工作。
十二、承擔區防汛防旱防風指揮部的日常工作。
十三、承辦區委、區政府和上級水利部門交辦的其他事項。
內設機構
一、人事秘書股
協助局領導對各股工作進行綜合協調；負責起草綜合性檔案、資料工作；負責文秘檔案、政務信息、保密保衛、重大會議組織、宣傳報導、信訪、車輛管理等行政事務工作。組織、指導屬下單位機構編制、人事、勞動工資、工會、共青團、婦女、計畫生育工作；歸口管理安全生產；指導本行業勞動保護；組織專業技術職務的評聘工作；組織水利行業對外經濟、技術合作與交流工作；擬訂水利科學技術和教育發展規劃；組織科技成果的推廣；負責職工的培訓工作；負責局機關及指導屬下單位的監察、紀檢、黨務、宣傳教育、組織、老幹部管理等工作；負責做好綜合統計工作；牽頭協調人大、政協定案、提案、建議的辦理工作；指導水利基層組織的隊伍建設。
二、經濟管理股（綜合經營辦公室）
負責行業財務管理工作和監督管理水資源費、水費等其他水規費的徵收和使用工作；指導水利國有資產管理工作和屬下單位的財務工作；負責水利資金管理使用情況和水利工程項目建設管理情況的內部審計、監督；指導、監督水利行業的內審工作；指導水利綜合經營工作；負責局機關財務工作；負責水利工程投資統計工作；協助對水利工程可行性研究報告的立項、審核、申報；參與對水利工程建設的竣工驗收。
三、水政水資源股
擬訂水利行業政策規章、規範性檔案；負責行政訴訟、行政複議和普法宣傳教育；指導水政監察和水行政執法管理工作，負責水利設施、江河水域、堤圍及其岸線的管理與保護；組織江海堤、水閘、河口灘涂和其他水環境的綜合整治；協調、處理水事糾紛，查處水事違法案件；負責水資源統一管理和保護工作、指導水資源費徵收工作；編制年度水資源公報和水中長期供求及其水量分配計畫；指導計畫用水和節約用水工作；組織實施取水許可制度；負責水土保持的規劃和監督工作；負責節約用水、城市供水水源規劃和水資源的調查評價、水質監測工作；審定水域的納污能力，提出限制排污總量的意見；負責中心城區並指導全區的供水規劃以及供水行業的建設和管理工作；負責區立項開發建設項目水土保持方案審批工作並監督實施，負責協調水土保持綜合治理和水流域治理工作；負責農村飲水安全工程建設管理工作。
四、工程建設管理股
擬訂水利中長期發展計畫、年度建設計畫；負責編制、下達、檢查和監督水利建設年度實施計畫；配合綜合統計工作；擬訂主要江河的綜合規劃並組織實施；協調、監督水利工程的建設和管理；負責水利基建工程、江河整治的規劃、建設、技術改造等項目申報及建設管理；負責全區江海堤、水閘、河口灘涂綜合開發的統一規劃及建設管理；對水利工程的設計、招投標、施工、監理進行行業管理；協助開展河口、灘涂及其他水環境的整治。
五、農水農電股
負責水利工程的運行調度、農村鄉鎮供水、冬修水利工程年度實施計畫和統計、農村節水工作；負責灌區和小水電站等水工程設施的運行管理、技術改造、維修養護、蓄水、排水、抗旱、排澇及小水電工程機電排灌工程的規劃建設和管理；對水庫大壩安全實施監督管理，登記積累有關水文資料，負責國管水利工程的用地確權和環境整治達標工作；指導城區灌區性排灌渠道管理；協管水費、過閘費等規費的徵收，指導水利基層組織農電工程的計畫管理、安全生產、技術交流，協調解決圍內區域間在用水管理上出現的問題和農田水利建設規劃管理及資料積累工作，協調屬下有關單位發、供、用電關係；負責水利大型橋閘日常管理工作。
六、其他事項
澄海區人民政府防汛防旱防風指揮部辦公室掛靠區水務局。主要職責：組織、協調、監督指揮全區防汛防旱防風防凍工作，對重要江河湖泊和重要水利工程實施防汛抗旱調度和應急水量調度；負責全區水旱災情發布，指導、監督重要江河和水庫的抗洪搶險工作；負責編制全區防汛防旱防風防凍應急預案並組織實施；負責水利突發公共事件的應急管理工作；負責聯繫水文、氣象工作。
