該方法適用於目標基因與可得最近的molecular marker距離較遠時，目標基因的原位克隆（positional cloning）。建立跳躍文庫歷經二次限制性內切酶切割與載體重組。先將染色體的DNA用識別序列長的限制性內切酶切割成較大的片段，並用DNA ligase 環化此次酶切所得大片段，進行克隆。然後對克隆的基因再次酶切，以剪下之前環化片段的連線區域，該區域包含了之前大片段兩端的基因序列，該序列可由southern blots來識別，即將片段與原始分子探針進行雜交。由此獲得的DNA文庫即跳躍基因組文庫。因為此時的第一次重組而且位於中間的質粒兩側的基因組原本在染色體中實際上不僅不相臨，而且至少有百萬鹼基距離的間隔。染色體跳躍（chromosome jumping）在較大的染色體，如人類的染色體相關的工作中有極大的套用。
