會計內部控制制度審計是指對為了保護財產和保證會計數據正確、可靠而採取的各種資產管理辦法、財物收付續、會計處理方法和程式等具體措施是否健全、有效進行的審計。審計內容主要包括：（1）會計職權確立和分工制度的審計。每一項業務的授權、批准、執行、記錄和覆核等是否分別由相對獨立的人員或部門來執行，並編制相應的序號憑證；是否按照錢、物、帳分管的原則，明確各自的崗位職責和許可權。（2）業務處理標準化控制制度的審計。每項業務，是否規定了標準的處理方法和有效的程式。特別是對那些不經常發生的沒有相應法規、制度和會計原則的業務，是否明確了適當的慣例作為標準來處理。（3）內部控制制度的審計。每一項業務的處理，是否均由兩個或兩個以上的部門或人員分工負責，並存在著必要的稽核和相應的制約關係；能否通過內部控制的相互制約，將業務處理過程中可能發生的差錯、弊端揭發並予以糾正。（4）會計人員素質控制制度的審計。任命的會計人員是否具有完成本職工作的能力，是否正確理解自己的工作職責和許可權並能以高度的責任感來履行；是否經常檢查和評價每個工作人員的工作；是否對有關會計崗位進行定期輪換並履行了交接手續。（5）財產安全控制制度的審計。為保護財產的完整和安全所採取的各項控制措施，如：財產的收付、保管手續；現金、固定資產的處理規程；財產參加保險及保護手段；及時記帳核對；定期清查等，是否健全、有效。（6）會計記錄資料可靠性控制制度的審計。為了保證會計記錄資料真實、準確、完整，是否建立了各種控制措施並有效予以實施。
