明燈明

明燈明，男，1971年11月生，湖北陽新人。現任南京工業大學生物與製藥工程學院工業生物技術創新中心研究員。

基本介紹

• 中文名：明燈明
• 國籍：中國
• 出生地：湖北陽新
• 出生日期：1971年11月 
• 畢業院校：復旦大學
• 學歷：博士研究生
• 職稱：研究員

人物經歷

1991年～1995年在哈爾濱工業大學套用化學系讀本科，1995～1998年在華東理工大學化學系讀研究生，1998年～2001年在復旦大學物理系讀研究生並獲理論物理博士學位。2002年～2008年曾先後在美國貝勒醫學院生物化學系、克拉克大學化學系和美國洛斯阿拉莫斯國家實驗室計算機與計算科學部從事博士後研究。2009～2016年在復旦大學生命科學學院生理與生物物理系任副研究員。2016年10月至今在南京工業大學生物與製藥工程學院任職。

主要課程

生物控制論、計算結構信息學導論、生物中的物理化學、生命科學與生物技術概論。

研究領域

主要研究領域為計算結構生物學，包括分子動力學模擬、蛋白質功能預測、蛋白質摺疊等。先後在PNAS、PRL、JMB、JCP、Plos One、Carbohydrate Research等國際一流權威期刊已經發表了近30篇高質量的學術論文；獲得了兩項國家自然科學基金面上項目資助。近年來，通過與酶工程實驗組合作，從事工程酶的動力學改性設計、催化機制計算機模擬等方面的研究。

發表文章

1、 Xiaokun Wu, Min Han, Dengming Ming*. Channel dynamics correlations through membrane dynamics: A multi-scale normal mode analysis. J. Chem. Phys. 143, 134113(2015)

2、Yian Yang, Jiaqiang Qian, Dengming Ming*. Molecular simulation of polysaccharide docking to proteins that have Tryptophan boxes in the binding pockets. Carbohydrate Research 414:78-84 (2015)

3、 Yunxiang Sun, Dengming Ming*. Energetic frustrations in protein folding at residue resolution: a homologous simulation study of Im9 proteins. Plos One. 9:e87719 (2014)

4、Xiongbo An, Xiaokun Wu and Dengming Ming*. Sequence-based functional sites prediction from a function annotated protein domain profile database. Journal of Fudan University, 52:768-778 (2013)

5、Dengming Ming, Michael E. Wall. Predicting binding sites by analyzing allosteric effects. Methods Molecular Biology. 796:423-36 (2012).

6、Mingyang Lu, Dengming Ming & Jianpeng Ma. fSUB: normal mode analysis with flexible substructures. J Phys. Chem. B, 116:8636-45(2012)

7、Xuehui Chen, Yunxiang Sun, Xiongbo An & Dengming Ming*. Virtual interface substructure synthesis method for normal mode analysis of superlarge molecular complexes at atomic resolution. J. Chem. Phys.135:144108 (2011)

8、Judith D. Cohn, Dengming Ming, Michael E. Wall. Prediction of functional sites in 50,000 protein domains using dynamics perturbation analysis. Biophysical Journal. 96:650a, 2009

9、Dengming Ming, Marian Anghel and Michael E. Wall. Hidden structure in protein energy landscape. Phys. Rev. E. 77:021902 (2008)

10、Dengming Ming, Judith Cohn and Michael E. Wall. Fast dynamics perturbation analysis for prediction of protein functional sites. BMC Struct Biol. 8:5 (2008)

11、Dengming Ming, Michael E. Wall and Kevin Y. Sanbonmatsu. Domain motions in Agonaute, the catalytic engine of RNA interference. BMC Bioinformatics 8:470 (2007)

12、Dengming Ming & Michael E. Wall. Interactions in native binding sites cause a large change in protein dynamics. J. Mol. Biol. 358: 213-23 (2006)

13、 Dengming Ming & Michael E. Wall. Allostery in a coarse-grained model of protein dynamics. Phys. Rev. Lett.95:198301. (2005)

14、Dengming Ming & Michael E. Wall. Quantifying allosteric effects in proteins. Proteins. 59: 697-707. (2005)

15、 Dengming Ming, Yifei Kong, Yinghao Wu & Jianpeng Ma. Simulation of d-actin filament of several microns. Biophys J. 85:27-35. (2003)

16、Dengming Ming, Yifei Kong, Yinghao Wu and Jianpeng Ma. Substructure Synthesis Methods for Simulating Large Molecular Complexes. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 100:104-9. (2003).

17、Dengming Ming, Wen Tao, Jixian Dai, W. E. Evenson, Xianxi Dai. A unified solution of the specific-heat-phonon spectrum inversion problem. Europhys. Lett. 61:723-728. (2003)

18、 Dengming Ming, Yifei Kong, Maxime A. L., Zhong Huang and Jianpeng Ma. How to Describe Protein Movements without amino acids sequence and coordinates. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 99:8620-5. (2002).

19、 Dengming Ming, Yifei Kong, Salih J. Wakil and Jiangpeng Ma. Domain Movements in Human Fatty Acid Synthase. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 99:7895-9. (2002)

20、Dengming Ming, Wen Tao, Jixian Dai, W. E. Evenson, Xianxi Dai.Generalized emissivity inverse problem. Phys. Rev. E. 65: 045601.

21、 Dengming Ming, Wen Tao, Jixian Dai, W. E. Evenson, Xianxi Dai. Exact Solution of the Specific Heat-Phonon Spectrum Problem by Using the Möbius Inversion Formula. Phys. Rev. E. 62: R3019. (Rapid Communications 2000)