施福寺始建於公元538年。第二十九代天皇欽明帝（531-570）因重病久治不愈，特敕命播磨國得道高僧行滿上人向佛祖祈願。後來欽明天皇康復，為還願便敕令在和泉國建立了最初的施福寺。
延曆12年（793），日本國一代得道高僧
弘法大師空海便是在施福寺愛染堂中，由暫住寺里的奈良大安寺高僧勤操大師授予沙彌十戒，剃度出家，時年20歲。後來
弘法大師留唐歸國，真言宗開宗之事也是在施福寺中閉關思索而出的。如今，空海大師當年剃度留下的頭髮，還保存在寺廟的御發堂中。
在歷史洪流中的施福寺可謂是命途多舛：先是受到後白河院和後鳥羽院的信賴而繁榮一時，在天正年間更是一度到達寺領二萬石、一山坊舍約970棟、僧眾三千的極盛時期。可此時
織田信長卻因憎恨增侶反對自己而開始大範圍地攻擊各大寺院，於是在一次大規模的軍事行動後施福寺被焚毀大半。在這之後，施福寺在
豐臣秀賴的資助以及眾信徒的努力下又重建了，但可惜的是寺院的規模再也達不到那鼎盛時期的樣子了。再後的弘化年間（1844-1848）它又因為火災而使得原本就不多的古代廟堂又燒毀了不少，現在的廟堂大部分都是災後重建的。
