微生物馴化法就是馴化微生物。在細菌培養基中循序漸進的加入靶向環境的材料或基質，讓細菌逐漸適應並依賴靶向環境的材料或基質，從而達到改善或改變環境中的有效成分。比如在某污染地點附近，周圍本來微生物是多種多樣的，但是隨著污染物的對微生物的生長抑制和毒害作用，大部分的被抑制生長或者殺死，只有部分能適應或者產生變異的微生物留下來。
在培養過程中，逐步加入某種物質，讓細菌循序漸進的適應這個繁殖環境，從而馴化出對此種物質耐受或者能降解的微生物群體和種類。套用領域一般套用於環保行業，醫藥發酵行業，食品發酵行業等。
