差示文庫(ifferential library) 構建方法，將A 細胞的mRNA 反轉錄生成CDNA 第一鏈，將該CDNA 與B 細胞過量的mRNA (10~ 20倍) 進行雜交，A 細胞如果有不同於B 細胞的特殊基因表達，則會產生該基因的mRNA 和反轉錄後形成的cDNA，該CDNA 就不能與B 種細胞的mRNA 形成雜交體。該雜交體反應產物再經羥基磷灰石柱層析，便可分離純化出未形成雜交體的cDNA,它是A 細胞中的特殊表達的基因。以該CDNA 為模板合成互補的CDNA第二鏈，再以該雙鏈CDNA 構建CDNA 文庫，即差示文庫，可從中篩選獲得目的基因。
它特適用於分離在特定組織中表達的基因、在細胞周期特定階段表達的基因、受生長因子調節的基因，以及在特定發育階段表達的或是參與發育調節的基因，也可有效地用來分離經特殊處理而被誘發表達的基因。
