2004年10月，南京大學在深圳市政府大力支持下，入駐深圳虛擬大學園國家大學科技園，在高新區創建南京大學深圳產學研基地。
南京大學深圳產學研基地（南大產學研大廈）地位於深圳市高新區南區主幹道科苑南路西側（與學府路交匯處）粵興三道6號，占地面積7430平方米，建築面積3.5萬平方米，由學校控股的深圳南大研究院有限公司負責管理和運營。
南京大學深圳產學研基地立足深圳灣，輻射珠三角，是南京大學在南方事業發展的平台，是一個高層次、綜合性、開放式的產、學、研、資、介相結合的實體。基地的目標定位是：以市場需求為牽引，以南京大學高新技術及雄厚的科研實力為依託，集成各種相關資源並實現充分共享，為南京大學科技成果的產業化、技術的協同研究與開發、行業技術提升提供一個完備和可靠的支撐平台，提供有關企業、產品、技術、人才等多方位的智慧型信息服務，同時充分拓展基地的孵化功能，使企業的技術創新通過大量高技術小企業誕生的形式得以實現，促進產學研結合。
學校總部的聲學實驗室、計算機軟體工程中心、國家環境保護有機化工廢水處理與資源化工程技術中心、國家有機毒物污染控制與資源化工程技術研究中心、輿情調查與危機管理研究中心等科研機構將陸續進駐基地設立深圳研發中心，力爭將基地建設成為南京大學在深圳的科研成果轉化基地、科研項目研發基地、南方教育培訓基地、高新科技企業孵化基地。
基地大樓設有教室、會議室、綠化庭院和停車場，配套設施將充分滿足研發、辦公、培訓、新成果展示等需要， 並提供產學研發展的各項配套服務。
