功能蛋白質組學（Functional proteomics）是由中國生命科學工作者在20世紀90年代後期提出以達到揭示蛋白質組學的一種創新研究戰略學說。大體包括以下幾方面概念:
(1）把對蛋白質組學的研究定位於對個別蛋白質的傳統蛋白質研究和以全部蛋白質為研究對象的蛋白質組研究之間的層次;
（2）研究的核心內容部分是蛋白質群體研究，從生物大分子(蛋自質、基因)水平到細胞水平研究的重要橋樑環節，包括基因組在內它們之間的非常密切的關係;
（3）從“局部”入手，把研究定位在細胞內與某個功能有關或在某種條件下的一群蛋白質，通過功能蛋白質組學的途徑去逐步揭示“蛋白質組（Proteome）”的方方面面。
它的提出是基於蛋白質的種類和數量在同一生物個體的不同細胞中是各不相同的;並且細胞內的蛋白質組是動態的，隨時發生著變化;即使是同一細胞，因不同時期、不同條件，其蛋白質組也是在不斷改變之中;此外在病理或治療過程中的細胞內蛋白質組及其變化也與正常生理過程中細胞不同另一方面蛋白質許多性質和功能，不僅要在蛋白質表達水平及r一級結構序列的差異上予以解釋，面且還必須從蛋自質空間結構及其動態變化方面給以闡明。為了揭示上述種種規律，故提出功能蛋白質組學。
