克隆重疊群

克隆重疊群(clone contig),又叫克隆疊連群,是在基因測序中的一個概念。

基本介紹

  • 中文名:克隆重疊群
  • 外文名:clone contig
  • 別稱:克隆疊連群
  • 性質:基因測序中的一個概念
表現
DNA測序不能從染色體進行,首先必須克隆化,構建基因組的物理圖譜。先構建片段DNA克隆(以YAC或BAC為載體),並把克隆依染色體排序,這就是“染色體的克隆圖”。依片段DNA克隆在染色體上所在的位置排序,可以得到相互重疊的一系列克隆,叫做“克隆重疊群”。
在大規模DNA測序中,目標DNA分子的長度可達上百萬個bp。現在還不能直接測定整個分子的序列,然而,可以得到待測序列的一系列序列片段。序列片段是DNA雙螺旋中的一條鏈的子序列(或子串)。這些序列片段覆蓋待測序列,並且序列片段之間也存在著相互覆蓋或者重疊。在一般情況下,對於一個特定的片段,我們不知道它是屬於正向鏈還是屬於反向鏈,也不知道該片段相對於起點的位置。另外,這樣的序列片段中還可能隱含錯誤的信息。序列片段的長度範圍300~1000 bp,而目標序列的長度範圍是3100萬bp,總的片段數目可達上千個。
DNA序列片段組裝(sequence assembly),又稱序列拼接,其任務就是根據這些序列片段,重建目標DNA序列。如果能夠得到DNA一條鏈的序列,那么根據互補原則,另一條鏈的序列也就得到了。

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