克孜勒蘇柯爾克孜自治州環境保護局是克孜勒蘇柯爾克孜自治州人民政府組成部門。
職責調整,主要職責,
職責調整
（一）增加水污染排放許可證審批和發放職責。
（二）取消已由克州人民政府公布取消的行政審批事項。
（三）加強環境政策、規劃和重大問題的統籌協調職責。加強環境治理和對生態保護的指導、協調、監督的職責。加強落實自治區減排目標、環境監管的職責。
主要職責
（一）落實國家、自治區環境保護基本制度。貫徹執行國家、自治區環境保護政策、規劃，擬訂並組織實施克州環境保護政策、規劃，起草法規、條例草案；組織制定克州環境標準和技術規範；組織編制環境功能區劃；組織擬訂重要飲用水水源地、重點區域、流域、地下水污染防治規劃並監督實施。
（二）負責重大環境問題的統籌協調和監督管理。組織協調重大環境污染事故和生態破壞事件的調查處理，指導協調重大突發環境事件的應急、預警工作；協調解決有關跨區域環境污染糾紛，統籌協調克州流域、區域污染防治工作。
（三）承擔落實國家、自治區、克州減排目標的責任。執行國家主要污染物排放總量控制和排污許可證制度，按照自治區減排目標制定克州總量控制計畫並組織實施，督查、督辦、核查各地污染物減排任務完成情況；實施環境保護目標責任制、總量減排考核並公布考核結果。
（四）負責提出克州環境保護領域固定資產投資規模和方向、國家和自治區、克州財政性資金安排的意見；參與指導和推動循環經濟和環保產業發展。
（五）承擔從源頭上預防、控制環境污染和環境破壞的責任。受克州委託對重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計畫進行環境影響評價；對克州涉及環境保護的法規、條例草案提出有關環境保護方面的意見；按照國家、自治區和克州規定審批項目環境影響評價檔案。
（六）負責環境污染防治的監督管理。研究擬訂水體、大氣、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車等的污染防治管理細則並組織實施；負責水污染排放許可證審批和發放工作；會同有關部門監督管理飲用水水源地環境保護工作；組織指導城鎮和農村的環境綜合整治工作。
（七）指導、協調、監督生態保護工作。擬訂生態保護規劃，組織評估生態環境質量狀況，監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作；指導、協調、監督各種類型的自然保護區、風景名勝區、森林公園環境保護工作；協調和監督野生動植物保護、濕地環境保護、荒漠化防治工作；協調指導農村環境保護；監督生物技術環境安全；組織協調生物多樣性保護。
（八）負責核安全和輻射安全的監督管理。參與核事故應急處理，組織實施輻射環境事故應急處理工作；監督管理核設施安全、放射源安全；監督管理核設施、核技術套用、電磁輻射、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治。
（九）負責環境監測和信息發布。制定環境監測制度和規範，組織實施環境質量監測和污染源監督性監測；組織對環境質量狀況進行調查評估、預測預警；組織建設和管理克州環境監測網和環境信息網；建立和實行環境質量公告制度，負責發布克州環境綜合性報告和重大環境信息。
（十）組織、指導和協調環境保護宣傳教育工作。制定並組織實施環境保護宣傳教育規劃，開展生態文明建設和環境友好型社會建設的有關宣傳教育工作，推動社會公眾和社會組織參與環境保護。
（十一）承辦克州人民政府交辦的其他事項。
