東莞海事局由原廣東省東莞港務監督局於2000年12月組建而成，是廣東海事局的分支機構。
局機關現內設辦公室、黨群工作部（紀檢監察處）、船員管理處、危管防污處、財務會計處、船舶監督處、船舶檢驗處、指揮中心（搜救中心辦公室）等8個部門，政務中心、海巡執法支隊2個處室辦事機構；下設沙田海事處、太平海事處、長安海事處、麻涌海事處、中堂海事處、石龍海事處和莞城海事處等7個派出機構。現有幹部職工219人，擁有註冊驗船師14名、海事調查官12名、註冊審核員8名、船舶安檢員74名（其中PSC檢查官6名）、甲類船長和輪機長8名以及碩士等各類海事管理專業人才一批。
