《DNA微陣列實驗指南》是2008年1月1日由科學出版社出版的圖書，作者是D.鮑特爾、J.薩姆布魯克。、
基本介紹
- 書名：DNA微陣列實驗指南
- 作者：[美]D.鮑特爾, [美]J.薩姆布魯克
- 譯者：呂華, 陸祖宏, 孫嘯
- ISBN：10位[703017299X] 13位[9787030172990]
- 定價：118.00 元
- 出版社：科學出版社
- 出版時間：2008年1月1日
內容簡介,圖書目錄,
內容簡介
本書提供了權威而詳細的有關DNA微陣列設計，構造和套用的知識，同時還詳盡地闡述了軟體工具的套用和數據分析要求，使一本非常實用的工具書。
DNA微陣列技術是一項能夠分析基因組、基因表達特徵性圖譜的新技術。目前，DNA微陣列技術已被植物、動物和生物醫學等領域廣泛套用，本書內容全面、實驗步驟翔實，集合了諸多前沿領域專家的理論知識和實踐經驗。
本書可供從事生物晶片研究開發以及生物信息學、分子生物學、生物技術等相關領域的教學科研人員和技術人員參考使用。
圖書目錄
譯者序
原著序
前言
原著作者名單
第1章 點樣微陣列探針的生成
導言
方案
1.cDNA克隆集的複製和儲存
·附加方案：使用冷凍菌種
2.來自細菌克隆集探針的PCR擴增
·可選方案：作為擴增模板的質粒DNA的製備
3.PCR產物的純化
·可選方案：用乙醇沉澱法純化擴增產物
4.PCR產物的觀察和評估
·附加方案：用PicoGreen進行定量
5.點樣法陣列備用DNA的重新懸浮及儲存
6.從酵母中分離和擴增用於陣列的材料
信息欄
克隆集
點樣微陣列中使用的對照
基因組和cDNA文庫中T1噬菌體的預防和檢測
長鏈寡核苷酸的點樣：替代用於表達分析的cDNA陣列
酵母探針
參考文獻
網際網路資源
第2章 玻璃微陣列的點樣
導言
方案
1.製備用於微陣列的聚L-賴氨酸玻片
2.在玻片上點樣
3.檢查印刷玻片的質量
·替代方案：利用標記的引物雜交
4.鵝毛筆針的保養與清洗
信息欄
微陣列接觸印刷使用的點樣儀與點樣針
用於點樣的基底
參考文獻
網際網路資源
第3章 RNA的表達分析
導言
PART Ⅰ RNA分離
導言
方案
1.來自哺乳動物組織和細胞的總RNA的純化
·替代方案：從OCT包埋的病理樣品中提取RNA
2.用FastPrep儀器從組織中分離總RNA
3.用TRIzol從植物組織中分離總RNA
4.松樹方法分離植物RNA
5.用FastTrack分離poly（A）+RNA
6.分離膜結合的多核糖體RNA
7.用批量製備色譜法分離poly（A）+RNA
8.用CsCl溶液超速離心分離RNA
9.酵母總RNA的純化
·替代方案：用鎖相膠純化RNA
10.E．coli RNA的純化
11.從單細胞和少量組織中分離和擴增RNA
·替代方案：組織切片中RNA的原位轉錄
·附加方案：切片的吖啶橙染色
12.RNA通用參考集
PART Ⅱ 標記和雜交
導言
方案
13.用反轉錄酶進行cDNA第一鏈的螢光標記
·替代方案：螢光標記的cDNA的純化和濃縮（Microcon YM-30）
14.用氨基烯丙基染料對DNA進行間接螢光標記
15.用於為篩選DNA微陣列篩選產生靶序列的mRNA製備物的擴增
·附加方案：標記aRNA
16.用於表達分析的少量mRNA的擴增
17.用E.coli DNA聚合酶的Klenow片段標記第二鏈DNA
·替代方案：用E.coli DNA聚合酶的Klenow片段標記基因組DNA
18.用生物素化核苷標記擴增RNA來與寡核苷酸陣列雜交
·附加方案：生物素化cRNA的片段化
19.未摻入的Cy染料的回收：使用HPLC重新純化
20.雜交和雜交後洗滌
·附加方案：微陣列玻片的疊放
疑難解答指南
信息欄
Alexa染料
細菌微陣列
用酚抽提蛋白質和DNA
甲醯胺
採用胍鹽抽提RNA
動物細胞及組織的勻漿
抑制RNase
哺乳動物、植物和細菌的RNA
測量DNA染料標記的效率
鼠白血病病毒反轉錄酶
oligo-（dT）纖維素
RNA的定量
RNA操作的特別注意事項
RNA的保存和回收
參考文獻
網際網路資源
第4章 膜點樣cDNA陣列
導言
PART Ⅰ 膜陣列的製備和雜交
方案
1.膜陣列的點樣
2.RNA的製備和標記
3.靶分子與膜陣列的雜交
·附加方案：靶分子的清除和膜的重新利用
PARTⅡ 數據的分析和解釋
參考文獻
網際網路資源
第5章 組織顯微切割
導言
PART Ⅰ 徒手顯微切割和雷射俘獲顯微切割
導言
方案
1.徒手顯微切割
·替代方案：冰凍組織樣品的顯微切割
2.雷射俘獲顯微切割
3.免疫-LCM
4.套用於表達分析的顯微切割組織的處理
PART Ⅱ 雷射壓力彈射
導言
方案
5.準備載玻片用於為LMPC進行組織切片
6.用於LMPC的石蠟包埋組織切片的製備
7.用於LMPC的新鮮冰凍組織切片的製備
8.使用Zincfix固定組織的LPC用於mRNA譜分析
9.使用液體蓋玻片保護組織樣品
10.雷射顯微切割和彈射後活細胞的分離
參考文獻
網際網路資源
第6章 基因組微陣列分析
導言
PART Ⅰ 微陣列檢測DNA拷貝數
導言
方案
1.cDNA微陣列比較基因組雜交
2.製備BAC DNA用於通過連線介導PCR進行CGH
3.BAC 基因組微陣列CGH
4.基於微陣列的DNA拷貝數代表性分析：靶DNA製備
5.基於微陣列的DNA拷貝數代表性分析：玻片製備及雜交
PART Ⅱ 突變檢測及SNP基因分型
導言
方案
6.SBE-標籤陣列用於SNP基因分型
·替代方案：為SBE進行多重擴增反應
7.Affymetrix標籤陣列用於SBE SNP基因分型
8.高密度微陣列用於序列變異檢測
9.SNP陣列用於雜合性缺失分析
PART Ⅲ 基於微陣列的DNA-蛋白質相互作用檢測：微陣列上的染色質免疫沉澱
導言
方案
10.套用陣列對酵母基因組上DNA-蛋白質相互作用作圖
11.酵母基因組的DNA-蛋白質相互作用作圖：DNA擴增及標記
PART Ⅳ SNP序列：作圖數據
·表6-7 多重引物集合：SNP作圖數據
·表6-8 Affymetrix HuSNP晶片中的SNP在圖譜上的位置
參考文獻
網際網路資源
第7章 基因晶片生物信息學簡介
導言
PART Ⅰ 微陣列表達實驗的設計
PART Ⅱ 圖像分析
PART Ⅲ 標準化
PART Ⅳ 晶片數據的表示和評價
PART Ⅴ LIMS、資料庫和數據管理
PART Ⅵ 聚類分析與顯示
PART Ⅶ 多維尺度法和自組織圖
信息欄
基因注釋
在研究人員之間共享微陣列數據
參考文獻
網際網路資源
第8章 組織微陣列
導言
方案
1.製備組織微陣列
·附加方案：手工製備組織陣列
2.套用組織陣列進行原位雜交
3.組織陣列上的免疫組織化學
·替代方案：抗原去隱蔽和胰蛋白酶消化
參考文獻
網際網路資源
附錄
附錄1 構建全長基因文庫
附錄2 試劑、緩衝液和培養基
附錄3 注意事項
附錄4 供應商
DNA微陣列網站
中文版索引
原著索引
圖版
原著序
前言
原著作者名單
第1章 點樣微陣列探針的生成
導言
方案
1.cDNA克隆集的複製和儲存
·附加方案：使用冷凍菌種
2.來自細菌克隆集探針的PCR擴增
·可選方案：作為擴增模板的質粒DNA的製備
3.PCR產物的純化
·可選方案：用乙醇沉澱法純化擴增產物
4.PCR產物的觀察和評估
·附加方案：用PicoGreen進行定量
5.點樣法陣列備用DNA的重新懸浮及儲存
6.從酵母中分離和擴增用於陣列的材料
信息欄
克隆集
點樣微陣列中使用的對照
基因組和cDNA文庫中T1噬菌體的預防和檢測
長鏈寡核苷酸的點樣：替代用於表達分析的cDNA陣列
酵母探針
參考文獻
網際網路資源
第2章 玻璃微陣列的點樣
導言
方案
1.製備用於微陣列的聚L-賴氨酸玻片
2.在玻片上點樣
3.檢查印刷玻片的質量
·替代方案：利用標記的引物雜交
4.鵝毛筆針的保養與清洗
信息欄
微陣列接觸印刷使用的點樣儀與點樣針
用於點樣的基底
參考文獻
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第3章 RNA的表達分析
導言
PART Ⅰ RNA分離
導言
方案
1.來自哺乳動物組織和細胞的總RNA的純化
·替代方案：從OCT包埋的病理樣品中提取RNA
2.用FastPrep儀器從組織中分離總RNA
3.用TRIzol從植物組織中分離總RNA
4.松樹方法分離植物RNA
5.用FastTrack分離poly（A）+RNA
6.分離膜結合的多核糖體RNA
7.用批量製備色譜法分離poly（A）+RNA
8.用CsCl溶液超速離心分離RNA
9.酵母總RNA的純化
·替代方案：用鎖相膠純化RNA
10.E．coli RNA的純化
11.從單細胞和少量組織中分離和擴增RNA
·替代方案：組織切片中RNA的原位轉錄
·附加方案：切片的吖啶橙染色
12.RNA通用參考集
PART Ⅱ 標記和雜交
導言
方案
13.用反轉錄酶進行cDNA第一鏈的螢光標記
·替代方案：螢光標記的cDNA的純化和濃縮（Microcon YM-30）
14.用氨基烯丙基染料對DNA進行間接螢光標記
15.用於為篩選DNA微陣列篩選產生靶序列的mRNA製備物的擴增
·附加方案：標記aRNA
16.用於表達分析的少量mRNA的擴增
17.用E.coli DNA聚合酶的Klenow片段標記第二鏈DNA
·替代方案：用E.coli DNA聚合酶的Klenow片段標記基因組DNA
18.用生物素化核苷標記擴增RNA來與寡核苷酸陣列雜交
·附加方案：生物素化cRNA的片段化
19.未摻入的Cy染料的回收：使用HPLC重新純化
20.雜交和雜交後洗滌
·附加方案：微陣列玻片的疊放
疑難解答指南
信息欄
Alexa染料
細菌微陣列
用酚抽提蛋白質和DNA
甲醯胺
採用胍鹽抽提RNA
動物細胞及組織的勻漿
抑制RNase
哺乳動物、植物和細菌的RNA
測量DNA染料標記的效率
鼠白血病病毒反轉錄酶
oligo-（dT）纖維素
RNA的定量
RNA操作的特別注意事項
RNA的保存和回收
參考文獻
網際網路資源
第4章 膜點樣cDNA陣列
導言
PART Ⅰ 膜陣列的製備和雜交
方案
1.膜陣列的點樣
2.RNA的製備和標記
3.靶分子與膜陣列的雜交
·附加方案：靶分子的清除和膜的重新利用
PARTⅡ 數據的分析和解釋
參考文獻
網際網路資源
第5章 組織顯微切割
導言
PART Ⅰ 徒手顯微切割和雷射俘獲顯微切割
導言
方案
1.徒手顯微切割
·替代方案：冰凍組織樣品的顯微切割
2.雷射俘獲顯微切割
3.免疫-LCM
4.套用於表達分析的顯微切割組織的處理
PART Ⅱ 雷射壓力彈射
導言
方案
5.準備載玻片用於為LMPC進行組織切片
6.用於LMPC的石蠟包埋組織切片的製備
7.用於LMPC的新鮮冰凍組織切片的製備
8.使用Zincfix固定組織的LPC用於mRNA譜分析
9.使用液體蓋玻片保護組織樣品
10.雷射顯微切割和彈射後活細胞的分離
參考文獻
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第6章 基因組微陣列分析
導言
PART Ⅰ 微陣列檢測DNA拷貝數
導言
方案
1.cDNA微陣列比較基因組雜交
2.製備BAC DNA用於通過連線介導PCR進行CGH
3.BAC 基因組微陣列CGH
4.基於微陣列的DNA拷貝數代表性分析：靶DNA製備
5.基於微陣列的DNA拷貝數代表性分析：玻片製備及雜交
PART Ⅱ 突變檢測及SNP基因分型
導言
方案
6.SBE-標籤陣列用於SNP基因分型
·替代方案：為SBE進行多重擴增反應
7.Affymetrix標籤陣列用於SBE SNP基因分型
8.高密度微陣列用於序列變異檢測
9.SNP陣列用於雜合性缺失分析
PART Ⅲ 基於微陣列的DNA-蛋白質相互作用檢測：微陣列上的染色質免疫沉澱
導言
方案
10.套用陣列對酵母基因組上DNA-蛋白質相互作用作圖
11.酵母基因組的DNA-蛋白質相互作用作圖：DNA擴增及標記
PART Ⅳ SNP序列：作圖數據
·表6-7 多重引物集合：SNP作圖數據
·表6-8 Affymetrix HuSNP晶片中的SNP在圖譜上的位置
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第7章 基因晶片生物信息學簡介
導言
PART Ⅰ 微陣列表達實驗的設計
PART Ⅱ 圖像分析
PART Ⅲ 標準化
PART Ⅳ 晶片數據的表示和評價
PART Ⅴ LIMS、資料庫和數據管理
PART Ⅵ 聚類分析與顯示
PART Ⅶ 多維尺度法和自組織圖
信息欄
基因注釋
在研究人員之間共享微陣列數據
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第8章 組織微陣列
導言
方案
1.製備組織微陣列
·附加方案：手工製備組織陣列
2.套用組織陣列進行原位雜交
3.組織陣列上的免疫組織化學
·替代方案：抗原去隱蔽和胰蛋白酶消化
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附錄1 構建全長基因文庫
附錄2 試劑、緩衝液和培養基
附錄3 注意事項
附錄4 供應商
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