閩南師範大學兩岸一家親研究院是依據《福建省教育廳關於開展高校特色新型智庫立項建設工作的通知》（閩教科[2016]）49號）精神，於2016年12月獲批成立的福建省高校特色新型智庫。該院以“兩岸一家親，共圓中華夢”為主題，實行“機構開放、人員流動、內外聯合、競爭創新、政產學研一體化”的運行機制。閩南師範大學兩岸一家親研究院設立十九大精神與踐行“兩岸一家親”理念、“和平統一，一國兩制”與台灣問題、十九大國家發展藍圖與兩岸經濟社會融合發展、閩南文化與新時代兩岸交流、福建省21世紀海絲核心區建設與台商發展等五大研究方向，院內設有五個研究平台和一個福建省高校人文社科研究基地—閩南師範大學台商研究中心，發揮學術研究、政府諮詢、服務台胞、“橋接”兩岸四大功能。
閩南師範大學兩岸一家親研究院實行智庫人才“旋轉門”制度。支持和鼓勵優秀中青年專家到政府部門、研究機構和基層一線掛職任職；支持設立特聘崗位或兼職崗位，聘請一批有較高理論素養的黨政、企事業單位領導幹部參與特色智庫研究工作，吸引高層次專家“駐庫”研究。該院實行智庫首席科學家制。由首席專家負責聚集和建設專業的研究團隊，打造智庫品牌。
閩南師範大學兩岸一家親研究院現有“駐庫”專兼職研究人員31人，其中教授19人（含研究員），副教授7人，講師5人，其中博士20人，在讀博士5人。該院多名成員被聘為國務院特殊津貼專家、省市政府有關部門專家顧問，為中央、省市相關部門，尤其是涉台相關部門提供大量決策諮詢服務。部分研究成果得到省部級等多部門採用和領導批示。
閩南師範大學兩岸一家親研究院的設立得到全國台灣研究會、中國社會科學院、海峽兩岸關係協會、中華全國台灣同胞聯誼會、中國評論新聞社（香港）、福建省教育廳、福建省台灣事務辦公室、福建社會科學院、平潭綜合實驗區管委會、福建省閩南文化研究會、兩岸和平發展協同創新中心、漳州市發展和改革委員會、漳州市涉台相關部門以及兩岸專家學者的指導、大力支持和幫助。
