農業經濟學方法是在辯證唯物主義與歷史唯物主義及政治經濟學原理基礎上，綜合研究農業生產中經濟現象和過程及其發展的一般規律的方法。在探索、比較、分析中，必須運用相應的具體方法，諸如統計調查法、典型調查法、經濟核算分析法、數量分析法、實驗法、邏輯思維方法等等。由於農業經濟學內容廣泛，涉及到物質生產部門的巨觀經濟問題、不同經濟結構、不同農區中的微觀農業經濟問題。以及研究與農業發展有關的非農業產業和有關方面的聯繫等，所用研究方法也隨之而異。一般說來，在運用各種方法時應有主有從，相互配合。
運用統計調查方法取得的資料，可以了解大量現象發展運動的趨勢;再結合典型調查方法，則可對農業經濟發展運動獲得深入生動的認識。二者配合，既能避免以點代面的局限性，又可加深對規律性的了解，使認識全面、深刻，符合客觀實際。在闡明農業經濟發展的基本趨勢和達到預期目標所應遵循的原則和途徑時，如果只進行質的分析，而忽視量的規定性，會使人在運用時難以確切掌握。只有重視數量分析方法，使揭示出的規律性和原則儘可能精確化、數量化，才便於基層管理人員的操作運用。還要清醒地認識到，對經濟問題，特別是巨觀經濟問題，不能過份強調數量分析方法的作用，因為社會經濟現象的相關因素十分複雜，難以在人為控制條件下進行。該法的基本要求是理論聯繫實際，認真調查研究和總結歷史經驗，探索農業經濟活動的規律，為決策提供依據;並善於吸收利用有關學科的方法，使自身的研究方法體系日臻完善，以取得更好的研究效果。
