《計算生物學導論：圖譜、序列和基因組》是2009年8月1日科學出版社出版的圖書，作者是(美國)M.S.Waterman。
基本介紹
- 書名：計算生物學導論：圖譜、序列和基因組
- 頁數：356
- 出版社：科學出版社
- 出版時間：2009年8月1日
基本信息,內容簡介,作者簡介,目錄,序言,
基本信息
出版社: 科學出版社; 第1版 (2009年8月1日)
叢書名: 生物數學叢書平裝: 356頁
正文語種: 簡體中文
開本: 16
ISBN: 7030251563, 9787030251565
條形碼: 9787030251565
商品尺寸: 23.8 x 16.8 x 1.8 cm
商品重量: 540 g
ASIN: B002Q2KZAA
內容簡介
《計算生物學導論:圖譜、序列和基因組》是Introduction to Computational Biology的中文譯著，《計算生物學導論:圖譜、序列和基因組》的意圖是針對有數學技能的人介紹令人著迷的生物數據和問題，並建立更實際的生物數學的基礎。《計算生物學導論:圖譜、序列和基因組》共分15章，其中第1章介紹分子生物學的基本常識，第2-4章介紹限制圖譜和多重圖譜，第5、6章研究克隆和克隆圖譜，第7章討論DNA序列相關的話題，第8-11章是共同模式下序列比較問題，第12章涉及序列中模式計數的統計問題，第13章敘述RNA二級結構的數學化論述，第14章給出有關序列的進化歷史，最後第15章給出某些關鍵文獻的原始出處.《計算生物學導論:圖譜、序列和基因組》結構完整，內容更新、更全面。
作者簡介
作者：(美國)M.S.Waterman 譯者：黃國泰 王天明 叢書主編：陳蘭蓀
目錄
《生物數學叢書》序
前言
數學符號
第0章 引言
0.1 分子生物學
0.2 數學，統計和計算機科學
第1章 分子生物學一些知識
1.1 DNA和蛋白
1.1.1 雙螺旋結構
1.2 中心定理
1.3 遺傳密碼
1.4 轉化RNA和蛋白序列
1.5 基因不簡單
1.5.1 開始與停止
1.5.2 基因表達的控制
1.5.3 割裂基因
1.5.4 跳躍基因
1.6 生物化學
問題
第2章 限制圖譜
2.1 引言
2.2 圖
2.3 區間圖
2.4 片段大小的度量
問題
第3章 多重圖譜
3.1 雙消化問題
3.1.1 雙消化問題的多重解
3.2 多重解分類
3.2.1 反射性
3.2.2 重疊等價
3.2.3 重疊尺寸等價
3.2.4 更多的圖論知識
3.2.5 從一條路到另一條路
3.2.6 限制圖譜及邊界塊圖
3.2.7 限制圖譜的盒變換
3.2.8 一個例子
問題
第4章 求解DDP的算法
4.1 算法和複雜性
4.2 DDP是NP完全的
4.3 解DDP的方法
4.3.1 整數規劃
4.3.2 劃分問題
4.3.3 TSP
4.4 模擬退火法：TSP和DDP
4.4.1 模擬退火法
4.4.2 TSP
4.4.3 DDP
4.4.4 環狀圖譜
4.5 用真實數據作圖
4.5.1 使數據符合圖
4.5.2 圖譜算法
問題
第5章 克隆與克隆文庫
5.1 有限的隨機克隆數
5.2 完全消化的文庫
5.3 部分消化的文庫
5.3.1 可克隆基的組分
5.3.2 採樣、方法
5.3.3 設計部分消化文庫
5.3.4 Poisson近似
5.3.5 獲得所有片段
5.3.6 最大表達度
5.4 每個微生物中的基因組
問題
第6章 物理基因組圖譜：海洋、島嶼和錨
6.1 用指紋製作圖譜
6.1.2 分小與控制
6.1.3 兩個先驅實驗
6.1.4 啤酒酵母
6.1.5 大腸桿菌
6.1.6 計算指紋模式
6.2 用錨製作圖譜
6.2.1 海洋、島和錨
6.2.2 克隆與錨的對偶性
6.3 克隆重疊的概述
6.4 綜合
問題
第7章 序列裝配
7.1 鳥槍測序法
7.1.1 SSP是NP完全的
7.1.2 貪婪算法的解至多是4倍最優解
7.1.3 實踐中的裝配
7.1.4 序列精度
7.1.5 預期的進展
7.2 用雜交法測序
7.2.1 其他SBH設計
7.3 重訪鳥槍測序法
問題
第8章 資料庫和快速序列裝配
8.1 DNA和蛋白序列資料庫
8.1.1 序列資料庫檔案中條款的描述
8.1.2 簡單序列數據檔案
8.1.3 統計小結
8.2 序列的樹表現
8.3 序列的切細
8.3.1 切細表
8.3.2 用線性時間切細
8.3.3 切細和連結
8.4 序列中的重複
8.5 用切細進行序列比較
8.6 至多有f個失配的序列比較
8.7 用統計量進行序列比較
問題
第9章 動態規劃、兩個序列比對
9.1 比對的個數
9.2 網路中最短和最長路
9.3 全局距離比對
9.3.1 插入刪除函式
9.3.2 依賴距離的權重
9.4 全局相似比對
9.5 將一個序列吻合另一個序列
9.6 局部比對和叢
9.6.1 自身比較
9.6.2 銜接重複
9.7 線性空間算法
9.8 回溯
9.9 倒位
9.1 0圖譜比對
9.1 1參數序列比較
9.1 1.1 一維參數集合
9.1 1.2 進入二維
問題
第10章 多重序列比對
10.1 囊性纖維化基因
10.2 r維的動態規劃
10.2.1 減小容積
10.3 加權平均序列
10.3.1 比對的比對
10.3.2 序列的重心
10.4 輪廓分析
10.4.1 統計意義
10.5 通過隱Markov模型比對
……
第11章 序列比對用到的機率和統計
第12章 有關序列模式的機率與統計
第13章 RNA二級結構
第14章 樹和序列
第15章 來源與展望
參考文獻
附錄問題解答和提示
索引
序言
僅僅在1953年才確定了著名的DNA雙螺旋結構。自從那時起，出現了一系列驚人的發現。闡明遺傳密碼僅僅是開始。了解基因和它們在真核生物，如人類基因組中不連續性的細節，已經導致能夠研究和操作Mendel的抽象概念一一基因本身。學會越來越快地閱讀遺傳材料使我們能夠試圖解讀整個基因組。像我們正在接近21世紀一樣，我們也正在接近生物學不可思議的新紀元。
