蘭花的根系與一般植物根系不同，它是直接從假球莖上生出同形的叢根或散根，呈灰白色，具有顯著的根冠，沒有主根、支根、細根之分，也沒有根毛。如遇阻礙或受損亦可生出支根多條，但形態仍和原根一樣。根的結構分為內外兩層，內層細小如鋼絲的稱為中心柱，具有相當強韌的機械組織，不易折斷，用來固定蘭株，也是運輸水分和養分的通道。外層為細胞表皮，有根皮組織，質脆易斷，貯存水分和養分，充滿水分時，有防旱和保護內層的作用。根皮的外表面還有綠色的小點，是蘭根特有的氣室。
蘭菌
菌絲蘭花根組織內和根際周圍土壤里，通常生存有一種根菌，稱為蘭菌。這些蘭菌的菌絲體侵入到蘭花根內部的皮層組織，形成一種共生關係。蘭根皮層組織內的營養和水分，為蘭菌創造了必要的生存條件，使蘭菌得以繁殖和發展；同時，不斷有蘭菌的菌絲體被蘭花分解、吸收，作為蘭花的養分，促使蘭花生根、發芽、開花、結果。蘭菌的生命強於其餘的害菌及細菌，它的大量繁衍，形成一種物理障礙，防止了蘭株從土壤里挾帶的病原感染。當蘭根缺乏蘭菌時，則難以生長。
