藥物設計中的分子模型化方法

《藥物設計中的分子模型化方法》是2001年科學出版社出版的圖書，作者是周家駒王亭。

基本介紹

• 書名：藥物設計中的分子模型化方法
• 作者： 周家駒 王亭 
• ISBN：7-03-008960-X/O.1309 
• 出版社： 科學出版社

基本簡介

藥物設計中的分子模型化方法

作者： 周家駒 王亭 定價： ¥ 21.00 元

出版社： 科學出版社 出版日期： 2001年04月

ISBN： 7-03-008960-X/O.1309 開本： 32 開

類別： 醫藥農化 頁數： 236 頁

內容簡介

本書為《計算機化學化工叢書》之一。本書以小分子的化學結構信息處理為核心，介紹藥物設計中的分子模型化方法。全書分為九章：前三章為第一部分，是一些通用的方法、原理和技術，分別介紹分子結構的計算機處理、分子的相互作用、分子結構信息資料庫；後六章為第二部分，分別介紹人工智慧中的遺傳算法，定量結構活性關係（QSAR）研究、結構匹配和資料庫搜尋技術、虛擬受體模型方法、藥物與受體的對接技術和模擬肽學等六個專題。本書是一本面向套用、介紹計算機輔助藥物分子設計方法的入門書，適合從事計算機化學的研究人員及從事新醫藥、新農藥研製與開發的研究人員閱讀和參考。

目錄

第一章分子結構的計算機處理

1.1分子結構信息的表達

1.1.1化合物的命名

1.1.2碎片碼、線形碼、拓撲碼

1.1.3連線表

1.2分子結構的輸入

1.3分子結構的幾何最佳化

1.3.1分子力學方法

1.3.2量子力學方法

1.3.3最佳化算法

1.4構象分析

1.4.1系統搜尋方法

1.4.2Monte Carlo方法

1.4.3模擬退火算法

1.4.4遺傳算法

1.4.5分子動力學方法

參考文獻

第二章分子的相互作用

2.1范德華相互作用

2.2靜電相互作用

2.2.1計算原子點電荷的方法

2.2.2分子的靜電勢

2.3氫鍵相互作用

2.4疏水相互作用

2.4.1疏水效應和疏水作用

2.4.2分配係數

2.4.3疏水場

2.5分子相互作用場的開發

參考文獻

第三章分子結構信息資料庫

3.1結構資料庫的三維信息來源

3.1.1三維結構的實驗來源

3.1.2三維結構的計算來源

3.2基於實驗數據的結構資料庫

3.2.1蛋白質結構資料庫PDB

3.2.2有機小分子結構資料庫CSD

3.2.3無機晶體結構資料庫ICSD

3.3基於計算結果的結構資料庫

3.4中藥成分結構及生物活性資料庫

3.4.1需求分析

3.4.2結構信息的計算機化

3.4.3中藥英文信息的規範化

3.4.4研究進展

3.5小結

參考文獻

第四章遺傳算法

4.1遺傳算法

4.1.1遺傳算法的表達式

4.1.2遺傳算法常用運算元

4.1.3遺傳算法的其他參數及步驟

4.1.4遺傳算法的數學原理

4.2經典遺傳算法示例

4.2.1寢試群體的產生

4.2.2複製

4.2.3雜交

4.2.4變異

4.3有指導性的遺傳算法DGA

4.3.1寢群體的產生

4.3.2線雜交

4.3.3面變異

4.3.4線雜交和面變異的聯合作用

4.3.5排序

4.3.6群體規模

4.3.7停止判據

4.3.8DGA的步驟

4.3.9對DGA在最佳化中的測試

參考文獻

第五章定量結構活性關係研究

5.1用於QSAR的生物活性數據

5.2用於QSAR的分子結構參數

5.2.1電性參數

5.2.2立體參數

5.2.3疏水參數

5.3經典QSAR模型

5.3.1hansch模型

5.3.2Free?Wilson模型

5.3.3其他模型

5.3.4QSAR模型的評價

5.4CASAC軟體

5.4.1設計思想

5.4.2結構框架模型

5.4.3結構信息數值化子系統NumSF

5.4.4數據分析及預測子系統AnaQS

5.4.5研究實例

5.5用遺傳算法挑選變數

5.6經典QSAR的成功實例

5.6.1治偏頭痛新藥lomerizine

5.6.2殺真菌農藥metconazole和ipconazole

5.6.3治風濕性關節炎新藥flobufen

5.7場分析方法CoMFA

5.8本徵值方法EVA

5.9偏最小二乘回歸

5.10小結

參考文獻

第六章結構匹配和資料庫搜尋技術

6.1子結果匹配算法

6.1.1回溯法

6.1.2劃分鬆弛法

6.1.3篩分法

6.1.4其他方法

6.2最大共同子結構查找算法

6.2.1 Brown算法

6.2.2 EMCSS算法

6.3藥效團識別

6.4三維結構資料庫搜尋技術——3DFS系統

6.4.1提問結構定義

6.4.2搜尋算法

6.4.3搜尋例子

6.5小結

參考文獻

第七章受體模型

7.1受體模型概述

7.2基於形狀的受體模型

7.2.1建模思想

7.2.2建模步驟

7.2.3套用實例

7.3基於虛擬原子的受體模型

7.3.1建模思想

7.3.2方法原理

7.3.3套用實例

7.4基於虛擬點表面的受體模型

7.4.1概述

7.4.2虛擬受體表面的產生

7.4.3表面性質的計算

7.4.4配體分子與受體表面模型的相互作用

7.4.5配體分子內能量的計算

7.4.6套用實例

7.5小結

參考文獻

第八章藥物與受體的對接技術

8.1基於受體結構的藥物設計

8.2已知配體對接

8.2.1已知結合位點的實時圖形對接

8.2.2自動對接

參考文獻

第九章模擬肽學

9.1模擬肽學概述

9.1.1生物活性肽作為藥物的局限性

9.1.2模擬肽學中的兩類方法

9.2以肽主鏈為基礎的模擬肽學

9.2.1環化技術

9.2.2約束單元

9.2.3環連線部件

9.3約束胺基酸

9.3.1 α?甲基化胺基酸

9.3.2 α，α′?二烷基甘氨酸和α?氨基環烷羧酸

9.3.3 Nα?Cα環化胺基酸

9.3.4 Nα?甲基化胺基酸

9.3.5 β?和γ?氨基環烷羧酸

9.3.6 α，β?不飽和胺基酸

9.3.7 β，β?二甲基和β?甲基胺基酸

9.3.8 β?置換?2，3?亞甲基胺基酸

9.3.9 N?Cδ和Cα?Cδ環化芳香胺基酸

9.3.10 置換脯氨

9.3.11 D?胺基酸

9.4肽的二級結構的分子模擬

9.4.1 β?轉折

9.4.1 γ?轉折

9.5非肽配體的設計

9.6小結