清朝,屬東莞縣戎廳。民國時期,屬清溪鄉。中華人民共和國成立後,屬新三區;1953—1986年,屬第七區長荔鄉、清溪人民公社荔橫生產大隊、清溪區荔橫鄉;1987年,屬東莞市清溪鎮荔橫管理區;1999年,屬清溪鎮荔橫行政村。
世居村民為尹姓,其先祖於清雍正十三年(1735年)從河南鄭州遷至東莞常平司馬頭,清乾隆年間遷至當地。
2015年末,戶籍人口318人,其中男性153人,女性165人;80歲以上10人,最年長者101歲(女)。外來暫住人口1041人。祖籍該村的香港同胞39人。祖籍該村的華人華僑12人,主要分布在澳大利亞和美國。村民為漢族,廣府民系,使用粵方言東莞清溪話。
傳統經營以種植水稻為主,花生、甘蔗等也有較大面積種植。改革開放後,隨著工業化推進,傳統農業逐漸衰退。2015年末,全村有13家企業,經營行業涉及五金、電子、模具、塑膠等,總產值占全村工農業總產值的95%。集體廠房面積54萬平方米,經營總收入971萬元,總支出328萬元,集體資產總額6044萬元,淨資產2062萬元。村民收入來源為商業經營、工資性收入、村集體經濟分紅、房屋出租等。
村內有1棵100年樹齡的細葉榕,為三級古樹。
特色農產品有清溪荔枝幹、清溪龍眼乾。傳統食品有硬餅。
荔橫路從村內經過。20世紀70年代初通電,80年代初通自來水,90年代初通電話,90年代中期全村村道實現水泥硬底化,2000年通網際網路。村中有籃球場、老人活動中心各1個。
村內有廣府傳統民居143座,建於二十世紀六七十年代,占地面積5148平方米,保存良好,有人居住。
村裡有尹氏宗祠,建於清代,重修於2004年,占地面積150平方米,灰瓦。2015年,仍作宗祠使用。
尹氏族人存有尹氏家訓:中華尹氏、歷代盛名、少昊之子、般封尹城、尹氏始祖、因以為姓、四千餘年、世代脈清、族規家訓、源遠華宗、齊家興國、激勵後生。
1998年12月31日,分別制定《荔枝墩村村民小組章程》《清溪鎮荔橫荔枝墩村股份經濟聯合社章程》。
2003年10月31日,荔枝墩村實行股份制分紅。
2013年,動工建設荔枝墩新村農民公寓。