瓶頸效應限制了下傳的mtDNA的數量及種類，造成子代個體間明顯的異質性差異，甚至同卵雙生子也可表現為不同的表型。 mtDNA在有絲分裂和減數分裂期間都要經過複製分離。人類的每個卵細胞中大約有10萬個mtDNA，卵母細胞成熟時，絕大多數mtDNA會喪失，數目可能會隨機減少到100個一下，甚至不到10個，這種卵母細胞形成期mtDNA數量劇減的過程稱遺傳瓶頸效應。瓶頸效應限制了下傳的mtDNA的數量及種類，造成子代個體間明顯的異質性差異，甚至同卵雙生子也可表現為不同的表型。線粒體基因
線粒體基因