明嘉靖四十四年(1565年)，明世宗嘉靖皇帝授予扎西扎巴闡化王和灌頂大國師法乾稱號。當時西藏地方有雅袞藏3個強大的第巴。在山南上部，第巴雅郊巴勢力最強大；在山南下部的塔波、工布、聶、羅若、加日等地區，第巴袞繞巴勢力最強大；在後藏，第巴藏巴勢力最強大。以上三大勢力均為噶舉派的施主。格魯派的施主有勢力比較強大的第巴拉加里和從拉薩曲水到墨竹地區之間的第巴吉雪巴。第巴卒夏巴才旦多傑聯合止貢派企圖消滅格魯派勢力，為此決定首先要消滅在經濟上支持格魯派的第巴吉雪巴，於明萬曆三十三年(1605年)策動後藏和雪嘎、雪那兩處的軍隊，打敗第巴吉雪巴，殺傷許多官兵。第巴雅效巴多堆扎巴和第巴藏巴兩人雖為親戚，後來也互不團結。第巴藏巴彭措南傑於明萬曆三十八年(1610年)打敗雅效巴，並把他軟禁起來。明萬曆四十年(1612年)至萬曆四十一年(1613年)，彭措南傑又發兵征服了彭波和柳吳溪卡等地，統治西藏全境，並禁止第四世達賴喇嘛雲登嘉措轉世。由於這兩年分別是藏曆水鼠年和水牛年，因而在藏族歷史上稱之為“鼠、牛年戰亂”。這次戰亂之後格魯派的施主吉雪第巴索南朗傑以布達拉宮內的觀世音像為禮品，請蒙古喀爾喀部的首領卻科爾汗兄弟兩人派兵為格魯派攻打第巴藏巴，萬曆四十五年(1617年)又帶領3000兵馬聯合前藏原有兵力反攻第巴藏巴。次年藏曆七月，彭措南傑率兵l萬多人，經堆壠至前藏進行還擊，摧毀了色拉寺和哲蚌寺，在兩寺的後山上殺死僧俗5000多人，致使第四世班禪洛桑卻吉堅贊被迫逃到阿里，色拉寺和哲蚌寺的部分僧人也逃往青海。五世達賴喇嘛的大管家索南繞丹為報復第巴藏巴，繞道至青海，請求當時在青海兵力最強大的蒙古軍首領古如鴻台吉和洛桑丹津兄弟兩人派兵援助格魯派。明崇貞四年(1631年)，彭措南傑因患天花病去世，其子噶瑪丹迥旺波於次年繼父執政。明崇貞六年(1633年)，五世達賴喇嘛的大管家索南繞丹和蒙古的拉尊窮哇洛桑丹津兩人帶領蒙古2000多騎兵到後藏，聯合前藏地區的第巴吉雪巴的軍隊，向第巴藏巴的軍隊發起反攻。第巴藏巴兵敗，全軍向江唐崗和藥王山退卻，被河水所阻，蒙古騎兵殺死數千名後藏兵士。在蒙古兵準備發起第二次衝鋒時，四世班禪洛桑卻吉堅贊和噶丹赤巴袞喬群培、達隆夏仲·阿旺南傑等人從中調停，以第巴藏巴歸還所搶占的格魯派寺院、莊園等條款達成和約。
